THEMATIC AI Europe
  • Home
  • Company
  • Expert Panel
  • Contact

Childhood vaccinations: are there too many?

5/12/2023

0 Comments

 
Picture
It is frequently heard; we are vaccinating so much. Is it too much? Sometimes accompanied by emotional images of a baby full of needles. What are the current facts and are we vaccinating much more? And if so, is it too much? Every country will have different vaccination schedules, so the numbers of vaccines may differ a bit from country to country and are not absolutes.

(The childhood vitamine K shot is not a vaccine, the importance of providing vitamine K can be 
found here.)

We, and of course our kids, are constantly exposed to thousands of germs every day. This happens through the food we eat, the air we breathe, and things that our kids especially put in their mouth. This non-pathogenic exposure to germs is healthy and contributes to a well-developed immune system. However, exposure to pathogens is unwanted: there is always a risk, and you really do not need to get ill to become healthier! That would be a very incorrect interpretation of the hygiene hypothesis.

Why vaccination? We are born with an immune system: it is there, it develops, we do not need to interfere. That is all correct in a healthy person. Our immune systems are amazing and protect us every day from attacks. It can fight most pathogens. However, for some of the pathogens we are at elevated risk of encountering, and they are serious. These can cause actual harm, even death. The reason for this can be complex and depend on the attributes of the pathogen. For example, a pathogen can be very quick, outcompeting our slow adaptive immune system that requires 10-14 days to get up to speed. The pathogen can be evasive and trick our immune system by changing its antigens frequently. Just when your immune system is mounting a robust response, the antigens that it recognizes are no longer on the surface of the pathogen, but it has completely changed them! The malaria causing parasite, Plasmodium, is an example of a pathogen that does this. Other pathogens are not dangerous themselves but contain a highly dangerous toxin that in tiny amounts is rapidly detrimental to our health. It short, in all these cases our immune systems can benefit from help!

That is the reason vaccines are strongly recommended; they prepare our immune system to be faster and better when those pathogens are encountered! Vaccines contain tiny amounts of antigens. An antigen being anything that your immune system can recognize. What do those antigens do?

The antigens are presented to your child’s immune cells (B and T cells), the immune cells your child already has made and will be making throughout most part of the adult life as well. The antigens do not "do" anything, do not "make" anything. There are specialized cells, cells that are eating and digesting antigens the entire day and display these at their surface. This is part of your normal "self-checks". The most of these antigens are from you, bits, and pieces that you need to make in the cells of your body. Your immune system is trained not to recognize these. But, pathogens, and thus their bits and pieces in a vaccine, are not you! Your amazing immune system has the capacity to recognize all that is not you; Yes! Really everything, even if it comes from outer space; your immune system will have cells that recognize it. 

But there is the catch! Few cells. You only have a limited amount that can recognize a new antigen. The reason is that you make sufficient B and T cells to be prepared for unknown infections. To catch them all: you make B and T cells, but very few that recognize the same antigen. You will not know if you will ever need that B or T cell if you will ever encounter that antigen. We are prepared for everything, but with lesser amounts. 

So, the antigen in a vaccine, when presented, will select those few cells that recognize this, and only this, antigen: of course, the same antigen that is also part of the pathogen that can cause harm! 
The selected B and T cells will stimulate you to generate more of them and store them. That is a neat trick! Your immune system has understood that these cells recognize something you have encountered: therefore, you may encounter it again! These cells have proven to be useful for you. Therefore, you will make more, via cell division, and store sufficient in a compartment we call the memory compartment. Having more cells makes you more powerful against an invading pathogen. But that is not all. The immune cells mature; they function better and faster. T cells will develop specialized functions they did not yet have they can now help other cells much better and faster, they can kill infected cells much better and faster. B cells, which make antibodies, will have chosen a better isotype with dedicated functions (IgG, IgA, etc.), they will even have mutated the antibodies to fit the antigen even better. Upon re-encountering the antigen, they make these antibodies super-fast!
​
This is how you strengthen the immune system, like encountering the pathogen itself, using the same bodies and cells, but without the danger of not controlling the pathogen!
If we look at children under 2 and take the US CDC numbers. They have nicely compared the current vaccination schedule with that a generation ago, in the 1990s. The previous generation received fewer vaccines, protecting against 8 infectious diseases. These were more complex vaccines, containing over 3000 antigens. These vaccines were certainly good and safe, but there was still room for improvement. Scientific work over the years has made more detailed insights into our immune systems, and our technological progress has allowed new materials to be made and produced at a large scale.
 
The under two years old of today get more advanced vaccines, protecting them from 14 infectious diseases, but they contain only about 300 antigens. So, their exposure to new antigens is much less, their immuun system concentrates more on fewer antigens. This is not necessarily good or bad, it just means a more targeted approach with fewer ingredients.


The ingredients can cause confusion. Vaccines, like any medicine or food, have many ingredients. All are there for a reason!

- Ingredients are added to stabilize (
Stabilizers) the antigens, so the vaccine can be stored for a longer time and at higher temperatures. These are commonly found in: food products or naturally in the body and most frequently are: Sugars or gelatin.
- Other ingredients protect against growth of bacteria (Preservatives), again commonly found in food products, and naturally found in fish: frequently used is Thimerosal in flu vaccines.
- Exceptionally low levels of residues from vaccine production can be found in vaccines. There are maximum limits of these set by the national authorities. These include antibiotics from keeping the manufacturing process sterile (antibiotics from the penicillin family are not used due to risk of allergic reactions), cel culture materials such as egg residue (allergy danger), and reagents to kill viruses in inactivated vaccines such as formaldehyde (found naturally in your body, in fruit). 


Deserving special mention are adjuvants. These are compounds especially needed to activate the innate part of your immune system; to mimic there is a pathogen that is dangerous! This important and is a part that determines how well a vaccine works. They can be parts of a pathogen, such as lipids, or even RNA will be a good "danger" signal that alerts your immune system that action is required. Several are found in our surroundings such as drinking water, infant formula, others in health products such as antacids, buffered aspirin, and deodorants. A (in)famous example are aluminum salts. A list of adjuvants in different vaccines can be found here. 

Aluminium salts are added to specific vaccines in small quantities. This is to strengthen the robustness of the immune response due to the ability of aluminium to slowly release antigens. This results in a more prolonged antigen exposure which increases the response. Aluminium for example, a common metal found in air, water, and food, is not readily absorbed by the body, this is exactly the characteristic for which it is used. 

Several of the more recent vaccines do not rely on additionally added adjuvants because these are attenuated virus vaccines or vector/mRNA vaccines; these include: 
Chickenpox, cholera, COVID-19 (mRNA Pfizer-BioNTech, mRNA Moderna and adenoviral Johnson & Johnson/Janssen and AstraZenica), dengue, Ebola, Hib (ActHIB, HIBERIX), measles, mumps & rubella (MMR), meningococcal (Menactra, Menveo, MenQuadfi), polio (IPOL), rabies, rotavirus, seasonal influenza (except Fluad and Fluad quadrivalent), smallpox and monkeypox (ACAM2000, JYNNEOS), Typhoid, yellow fever, zoster live (Zostavax).

Picture
Is there​ such a thing as too many vaccines?
It is clear from the table above; we do vaccinate more. Once there was only smallpox, now other dangerous infectious diseases can be prevented, notably measles, rubella, tuberculosis, hepatitis B, polio, diphtheria, tetanus, pertussis, Hemophilus influenza, Pneumococcus, rotavirus, and human papillomavirus.
​
One is excused to think we are at danger to overload our immune system. But there is no truth in this. Once more I need to refer to how amazing the system is. It has billions of B and T cells, and they mostly each have a different antigen they can recognize. It is present from birth, it is active from birth, and it can multitask!

The birth canal gives the first large encounter with bacteria, once delivered into the world, the infant will be immediately targeted by microbes. The outer surfaces such as the skin and the intestine, but also the lungs, will be colonized rapidly. And yes, the little one will manage the onslaught of all these microbes very well: it has an immune system. This highlights that a few vaccines, or 5 at the same time, not an issue is at all.

​One can make calculations how many antigens, and epitopes (the parts of an antigen that ​is actually recognised by a B or T cell) are in a vaccine, how many cells are required to be activated and produce antibodies above the threshold to neutralise a pathogen. Such an approach would indicate that our immune system can deal with 10.000 - 100.000 vaccines at a time. So, 5 or 20 vaccines is a small fraction: it is of no concern.

Of course, we do not base healthcare only on calculations, the simultaneous administration of vaccines has been studied, and shown to be both efficacious and safe (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7), and the basis why many are even provided in a single vaccine shot (e.g., DTP and MMR). So, multiple vaccines, as in use, really do not overload your immune system.

Now, you could still claim that it may weaken it. But also, that would be incorrect. Large cohort studies have shown that multiple vaccines have no detrimental effect on for example the frequency or severity of illnesses from non-targeted infections (1, 2): i.e. There is 
no adverse association between an increasing number of vaccinations and infectious diseases.

To conclude, yes, since the first vaccine against smallpox, the number of vaccines has increased. This has much reduced infectious diseases, childhood mortality, and the resulting health issues in the adult population. The increase in vaccines, which have been improved over the years, has had no negative effect, for healthy individuals, infants, or adults. There is enormous capacity of our immune system to deal with multiple stimuli simultaneously. There is no limit demonstrated for a maximum of vaccinations, with respect to their efficacy and any immune effects against non-targeted disease. It is likely that such a limit does not exist.    
0 Comments

The newborn Vitamin K shot

4/6/2023

0 Comments

 
After all the anti-vaccine noises in especially the last two years, are now even the vitamin K shots for newborns questioned again. The only correlation is that both are given intramuscular and via a needle.
 
Newborns can be very susceptible to a potential life-threatening condition called vitamin K deficiency bleeding (VKDB) or Hemorrhagic Disease of the Newborn. This can be a problem for all newborns and in the age range from birth to approximately six months of age. Without vitamin K, 
an essential factor in blood clotting, administered at birth the mortality rate is as high as 20%.

Humans cannot produce vitamin K, it is obtained from vegetables and the activity of bacteria in your gut. Newborns cannot be given vegetables and hence, may be in short supply. Furthermore, the bacteria needed to produce vitamin K, E. coli, are not yet present in newborns, who have a quite different composition of gut bacteria due to a hugely different diet of milk. Vitamin K also does not pass into breast milk at high enough levels to treat neonatal deficiencies. In other words, the first shot of vitamin K can really be the main source of vitamin K in the first months of life.

 
 
There are some known risk factors.
1) If Vitamin K is not preventatively given via an intramuscular injection at birth
2) Especially for exclusively breastfed babies. Although breastfeeding is beneficial and highly recommended, it contains less vitamin K than formula milk.
3) Babies from mothers that are on medication that reduce blood clotting or take anticonvulsants (against seizures).
 
The supplied vitamin K is made by bacterial fermentation, the same way it is generated in our own intestine. All proteins, or enzymes, which need it, recognize the same vitamin K. 
Vitamin K2, the synthetic form, also occurs naturally.  Unlike K1, it is fat-soluble and hence the baby's body can store it and use this deposit for the following months. In other words, there is no difference between the “natural” molecule and the so-called "synthetic" molecule. Anyone making such claims is misinformed. Such claims can be huge red flags of dishonesty. 
 
Misinterpreted warnings

There are warnings on all medications. For Vitamin K, a black box warning refers to things such as the small risk associated with a large dose of it given intravenously to very rapidly reverse coagulopathy. This does not apply and is not of relevance for the much smaller dose of intramuscular vitamin K provided to newborns. The route of administration matters a lot too!
 
The formulation of the vitamin K shot does, of course, have some other ingredients. Uptake of vitamin K and its storage need some help. Two main ingredients are Polysorbate 80 and Propylene glycol.
 
Although Polysorbate 80 can affect the blood-brain barrier, it takes a HUGE IV dose delivered to the blood vessels in the head. There is no reported effect on the brain or neurotoxic effects https://medisca.com/NDC_SPECS/MUS/0526/MSDS/0526.pdf
Propylene glycol also has no mention of neurotoxicity, and claims otherwise are again huge red flags of alternative agendas and dishonesty, http://ciscochem.com/assets/propylene-glycol,-industrial-sds.pdf
 
For more information, I refer to these three resources:
 
https://www.chop.edu/conditions-diseases/vitamin-k-deficiency-bleeding-hemorrhagic-disease-newborn
 
https://publications.aap.org/pediatrics/article/149/3/e2021056036/184866/Vitamin-K-and-the-Newborn-Infant?autologincheck=redirected
 
https://evidencebasedbirth.com/evidence-for-the-vitamin-k-shot-in-newborns/
 
0 Comments

Memory against infections, against SARS-CoV-2

4/3/2023

0 Comments

 
The maintenance of cells with a proven record after an infection is one of the pillars of the adaptive immune system. It is, one could say, the most key role of the adaptive immune system.

The cells of the adaptive immune system are B and T cells. Both cell types make their own receptors with which they can recognize pathogens. Importantly, these receptors are not directly found in your DNA. You do not inherit them from your parents, like you do with receptors from innate immune cells. Adoptive immune cells make their specific receptor in a complex way of cutting and pasting gene parts, adding and deleting pieces at random, to eventually end up with a receptor.

Extremely important is that each cell, for understanding the basics, harbors one receptor. That is, one receptor is eventually encoded for that cell, the cell will have many of these present on its surface. Making receptors at random has huge advantages, no matter how new a pathogen is, how much it changes, you will always have some cells that will recognise that pathogen. This is extremely powerful. The billions of T and B cells can collectively really recognise everything!

But, making receptors at random has pitfalls. Many are not of use at all, the worse that cannot be of use do not become part of the collective repertoire in your body. Others will recognise parts of you! That can give autoimmunity, and hence cells with such receptors will also be negatively selected to die and not be part of the circulating cells in your body. It still leaves billions of cells.
​
Yet, the vast majority of those are also not of immediate use. The motifs (antigens) they recognise you may never encounter, and hence the turnover of T and B cells is high. Many die every day; you generate many new ones to replace these. This goes on till old age, although the rate of new cells added is slowing down with age.
 
Helpful review here.
​
Picture
There is another problem; you have billions of cells, but few that recognise a given pathogen. This is the reason that adaptive immunity is slow, 10-14 days until it is a bit up and running, with maturation of it that can take many months. Maturation is in large part the refinement of the response, making increasingly better antibodies by, at random, mutating the B cell receptor genes. The B cell receptors, when secreted, are called antibodies. By mutating the antibodies, and a complex system of different B cells competing for the same antigen, there is a process of mini evolution going on in your lymph nodes. The result is antibodies with an incredibly high affinity and specificity.
 
Those T and B cells that do recognize a part of a pathogen, and help you clear it are unbelievably valuable. These have proven that they recognize a pathogen you have encountered and can get infected with again in the future. Hence, you really want to keep those! These cells will become part of your memory compartment. This compartment is independently regulated from all those cells that have never encountered the antigen they have a receptor for (the naïve cell compartment). The size of the memory compartment is also not infinite, regulated by physical space and survival cytokines such as interleukin-15. This does mean that there will be some loss over time. Unfortunately, this loss is the highest in old age. This, combined with a reduced naïve compartment, makes the elderly more susceptible to infections. Any infection.

The fact that memory cells can recognize a pathogen that you may encounter again is useful. But that is only part of the story. Remember the billions of naïve cells, most with a unique receptor. You have very few that recognize the same antigen. In the memory compartment you save many with the same specificity. So, you start the next infection with many more cells to rely on. This will give you much advantage to contain and clear the pathogen. In addition, memory T cells adhere to different rules. They can be activated much quicker. They migrate to the site of infection fast, within a day often. Many are already there and patrol the regions where you first encountered the infection! Their functional capacities do not need to mature, the transcriptional program is already determined and active: the result is an extremely fast response, a day or 1-4, well worth keeping!
 
 
How do we know about memory cells?
Many experiments and studies have been performed over many decades to gain many insights about memory cells. A lot, on the molecular and cellular level, has been done in laboratory animals, especially mice, but also rats and non-human primates. In humans, many of these obtained insights have been reproduced and observed to hold very well. I will give a brief overview.
 
Some good examples here show the existence of a memory compartment in humans, with effector functions, as initially obtained from mouse studies. These cells have many of the same molecules on their surface (markers) by which immunologists can recognize and classify the memory cells and study their functionality. 
 
Here you see what happens if you activate naïve T cells (a) and see how much of the important cytokine IFNg they make, compared with memory T cells (b) at the same time.
Picture
A particularly helpful review of the state of the field in 2004, can be found here.
 
In human we can find memory cells against many of the pathogens that regularly infect us, such as Candida albicans and Mycobacterium tuberculosis, Hepatitis C virus, HIV and CMV, and of course many others such as those vaccinated against. Influenza is a prime example where elderly respond weaker, due to a complex array of issues that hamper immune responses. Therefore, is a vaccine so important, to prepare much better for any potential infection. However, not everyone will respond robustly enough.
 
Also, antibodies can easily be detected in blood. Although their levels drop and active production may come to a near halt, a boost will very rapidly increase these to extremely elevated levels: it is the memory B cells that are responsible for this. This can be done for all vaccines for example. With some especially relying on this response to provide disease protection even after contact with a pathogen (e.g., Tetanus).
 
COVID-19
There are stories circulating on social media to cause confusion about our protection against SARS-CoV-2. Some people, even several that should know better, make claims of uncertainty about the memory we build up against SARS-CoV-2 and how long it will last. Claims are accompanied by false statements about not knowing how memory T cells are maintained and the absence of data on memory cells from other infections.

This is shameful; there is no reason to assume SARS-CoV-2 is dramatically different from all those pathogens, it has not behaved particularly different to most other pathogens. 


https://www.thematic-ai.eu/prof-marc-veldhoen/sars-cov-2-new-and-familiar 

Furthermore, we know that memory cells last an exceptionally long time. First, the vaccine and the virus will generate an immune response. An immune response severe enough to recruit B and T cells, to activate them, and hence, to generate a memory response. We know all of that, it was tested in mice and non-human primates. 
 
Of course, it was confirmed in humans. In September 2020, very good T and B cell response. Subsequently a flurry of papers showing good B and T cell responses and memory responses.

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03791-x
https://www.nature.com/articles/s41564-022-01106-y
https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abi9915
https://www.science.org/doi/10.1126/sciimmunol.abm8389
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm0829
https://www.science.org/doi/10.1126/sciimmunol.abl5344
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867422000769
 
Memory cells have been studied over time in humans too. The most famous is the response after the Spanish flu in 1918, with memory B cells still capable of producing neutralizing antibodies detected in 2008, 90 years later! And of course, SARS is the most recent example of a similar virus, present at least 17 years later. 
 
And we know, these cells respond quickly. B cells make antibodies very rapidly, memory T are recruited to the site of infection and do make all the difference to contain and clear the virus. 

 
In other words, SARS-CoV-2 has provided us with immunology in real time. It has once more confirmed all those principles and aspects of our immune system we have been studying for decades. It is a textbook virus with a textbook response. This also counts for the memory response we generate, maintain, and will rely upon successfully to fight SARS-CoV-2 infection.
 
0 Comments

SARS-CoV-2, new and familiar.

3/29/2023

2 Comments

 
SARS-CoV-2, the coronavirus that is the cause of COVID-19, is new but also familiar. What we have seen in the past 3 years is virology and immunology in real time unfolding.

SARS-CoV-2 has behaved much as we expected it to behave. The route of infection, the cells its infects, its transmission, replication, in large part its evolutionary path, its selection criteria, the epidemiology, the way the immune system detects it and responds, the antibodies that bind it and wane, the T cell response that stays, the reinfections, how to detect it, and how to target it with a vaccine, did not hold much mystery. We knew much, expected most, but certainly not everything was and is understood!

Let´s start with some statements to avoid confusion:
  1. Pathogens, such as viruses, parasites, fungi, or bacteria, can cause disease and kill people
  2. Getting infected with a pathogen is never "good"
  3. Infections can result in damage, including to organs and immunity
  4. There are many poorly understood ways infections can cause problems
  5. The result of an infection is person-dependent and can range from asymptomatic to severe illness and death
  6. Endemic does not mean mild or "nothing to worry about"​
  7. Seasonal also does not mean mild, nor does it exclude transmission at other times.

We know a lot about viruses and immunity. What we have seen happening in the past three years is infection and immunity in real time. Not only that, but we have also seen much of what was predicted from decades of study of viruses and the immune system. SARS-CoV-2 has confirmed a lot of the things we know. That does not mean there were totally no surprises, it does not mean we should not have studied it and it certainly does not mean we know all there is to know. There are major gaps in some things. But overall, SARS-CoV-2 and the immune response were textbook.

This will need explanation and quantification.

Let´s start with the virus. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS‑CoV‑2), the cause of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a strain of coronavirus. Coronaviruses are not new; they are enveloped positive-sense single-stranded RNA viruses with a large genome. Many strains are found in many hosts. Hosts include bats, farm animals, pets and yes, humans. The name, corona, comes from the Latin for crown, thanks to their distinctive crown-like look.


Picture
Picture
The original observation, the discovery of human coronaviruses, happened in 1960 by June Almeida and David Tyrrell, after developing novel culture methods enabling the propagation of this respiratory virus. That is over 60 years ago, and much has been discovered since. But the earliest descriptions of coronavirus disease are over 100 years ago, in the 1920s, of respiratory disease in chickens, infectious bronchitis virus (IBV).

The first corona cold virus was named 229E, OC43 followed with NL63 and HKU1 later discoveries, and together making up the 4 human coronaviruses that give common colds. However, as stated above, do not think too lightly of these viruses. You are exposed in early life to these, when your immune system makes a strong innate response (interferons, IFNs) protecting most of us against these viruses. This will enable the generation of memory B and T cells over time, providing life-long immune protection. Yet, as so often, in old age many systems start to fail. Our immune system is no exception and the risk these viruses cause can be life threatening. These coronaviruses are seasonal and have characteristic annual waves.
Although common, its contribution to mortality in children and the elderly is much less known. Much of their molecular workings, the proteins they use, are known. That includes Spike proteins, critical for all these viruses to gain cell entry. The Spike of NL63 has the specificity for our host receptor ACE2. Their detection and identification, yes, using PCR.

​
Coronavirus infection results in hijacking the host cell protein and metabolic machinery, eventually causing cell stress and cell death. Hence, 
HCoV-229E, -OC43, -NL63, and -HKU1 are considered pathogens, causing upper, and lower, respiratory tract disease and responsible for up to 15%–30% of common colds in adults. In addition, enteric coronaviruses also exist and can cause gastroenteritis and intestinal infections.

Of course, most well-known are the SARS and MERS coronavirus outbreaks in 2002 and 2013. These provided a renewed impulse to more detailed investigations into coronaviruses, their pathophysiology, and the design of the first vaccines. In other words, a lot of knowledge about how these viruses operate. Do we know everything? No, of course not. Is every coronavirus the same? Also not, each has their own characteristics. But, in broad terms, the scientific community, especially virologists, know a lot about viruses and coronaviruses.

SARS-CoV-2 is hence not an unknown entity. i.e. it is a coronavirus. We know a lot about coronaviruses. This general knowledge has been held up very well. The virus mutates, some recombination is possible, it has abilities to reduce immune detection (reduced expression of HLA-1, reduction of detection by innate receptors and IFN production), but it does not escape detection. It does not go latent (long-term infections in immunocompromised does happen), it does not integrate in our genome, it does not attack or kill B or T cells, etc. Yet, that does not mean it was not dangerous, or that we knew everything.

​It was new on another level.


So, SARS-CoV-2 is not an exception compared with other coronaviruses.
Its infection in children is often, but certainly not always, mild. 
IFN responses are strong and the adaptive response is not relied upon as much
, but certainly starts to participate and will provide, over several exposures, good immunity. Infection of vulnerable people, those with reduced immune responses, can have severe consequences. These include the elderly. But with an immunologically new virus, we are all vulnerable.

SARS-CoV-2 caused many victims, not only via mortality but also long-term damage (LongCOVID) to our tissues and systems.

Some explanation required again. People are diverse, a complex interplay between the host, its health status, much is genetic, and the pathogen can give wide-ranging outcomes. These include long-term problems, associated with many infections, referred to as "idiopathic" or in plain English; "we are clueless what causes it". They are the consequence of the host - pathogen interaction and a variable that is not understood. This is a knowledge gap, but not SARS-CoV-2 specific. However, we are now very much confronted with a new wave of long-term consequences, due to the COVID-19 pandemic, and it would be great if progress can be made to understand this much better, identify the risk factors and, in the best case, find treatments if not cures.

But be aware. This is a complex issue, which takes time and resources. Also be aware this is not SARS-CoV-2-specific. SARS-CoV-2 has no magical properties, does not do something particularly scary that other pathogens, especially coronaviruses do not do. Sure, we only recently could establish, it was suspected for a long time, that EBV infection can indeed cause multiple sclerosis; that measles can wipe out some of your B cell memory cells. i.e. we discover new aspects; we are better and better at doing this with recent technologies. There are things about SARS-CoV-2 we do not know much about. But, for most things it is a textbook virus. Hence, it is better not to get infected, but, after obtaining immunity and not having underlying conditions that make you particularly vulnerable, infection will be overcome, mostly without additional consequences. Again, like most infections. Every autumn and winter, you will be infected with many pathogenic viruses. SARS-CoV-2 will highly likely become one of them. It is also true that from all the other viruses and infections of causes we do not know everything there either.



Yet, all those victims and the substantial amounts of long-term consequences,  SARS-CoV-2 is a new virus, a new virus to our immune systems.

Although I have argued that we know a lot about SARS-CoV-2, that knowledge is in books, papers, the internet and in the collective brains of scientists. Our immune system does not have that knowledge. Yet, it is not clueless either. This needs again more explanation.

Our innate system has many receptors that are inherited from generation to generation and can detect and recognize conserved elements of pathogens. This, conserved elements, means structures our own cells do not make. Some sugar or fat groups, the way DNA is packaged or the presence of RNA where it should not be. Our innate system, although never, ever having seen SARS-CoV-2 before, will detect it and, importantly, will identify it as an RNA virus we need to deal with as quickly as possible.

Depending on the dose you received, your age, your genes, you may even deal with the SARS-CoV-2 infection and be asymptomatic. For the vast majority, it will require more reaction. This is normal for these types of viruses. They are extremely fast and can overwhelm our innate immune system. Also, with the 4 common cold HCoVs, you experience symptoms, and you need more than your innate system.

Here is where you need the adaptive part of your immune system. Textbooks will have a strict divide of innate and adaptive immunity. That is for educational purposes, the two arms are very intertwined. Of course, B cells (that make antibodies) and T cells play their specific role in fighting infection. But they also support and strengthen the cells of the innate system. e.g., antibodies bind to the virus, making it easier to detect and for cells to "eat" it. Both B and T cells do not make use of inherited receptors but uniquely make new ones. Each T or B cell has generated a unique receptor, collectively the billions of cells will really be able to recognize anything, no matter how new or strange.
T cells will boost those eating cells (macrophages) so they work harder en better. Of course, B cells also make neutralizing antibodies, these can even prevent infection. Other antibodies target infected cells for cell death (ADCC, NK cells). The generation of antibodies is a complex process we know a great deal about, and ideally also requires the help of T cells. T cells in their turn can kill infected cells, thereby limiting the spread of the virus. All this is indeed textbook.


It is also textbook that we can prime the adaptive response using vaccines. That Spike protein is important, it is the only protein against which neutralization of infection is possible. This is the reason that vaccination was considered so important. To allow a much improved innate and adaptive response against infection with SARS-CoV-2. Without this, some people would be asymptomatic, several would get severely ill, and some would die. With vaccine-induced immunity, the same B and T cells acquired after infection, this disease spectrum shifts towards much less severe disease and mortality. The data shows, textbook, that it worked. 

No, this does not mean that nobody gets severely ill, remember that there are always some people susceptible: due to disease, medicine, old age, or genetics, and we have been at the beginning of this immunity build up. It just happens very much less and will end up being in line with other infections. It is just that SARS-CoV-2 is studied in such detail that we may not realize there are many other infections doing something remarkably similar but are not assessed at the same level of detail and many therefore appear less frequently.

No, it also does not mean you will not get infected. This is something that is difficult for many people to understand. You will be regularly infected. That is again, textbook. 
SARS-CoV-2 behaves just like other coronaviruses, very much like other respiratory viruses: it must be quick and adapt to our immune responses. Every virus will have to infect to replicate and remain in the population. SARS-CoV-2 is not different. It has the main selection criteria to do so: speed, location, and mutations. Speed is important: it will infect and start replicating very vastly, with, like other respiratory viruses, symptoms of inflammation within days. This contrasts with measle virus, which has an incubation time of a good week (8-10 days to complete its life cycle of replication deep inside our bodies). Once immunity has been gained, it will respond very swiftly, well within a week, so you may not notice that you have been infected, and viral load has remained low, without giving any symptoms. For respiratory viruses, your response may be very quick, quick enough to avoid viral dissemination from the upper airways to the lungs or other organs (chance of severe disease), but the infection will have taken hold, just on the surfaces of your upper respiratory tract and you can transmit viable new virus particles.
​
Secondly, it is an RNA virus. Mutational space is not as broad as influenza, which relies on two proteins, NA, and HA, but much more than measles virus. Initially, the virus adapted to us humans, beter binding to ACE2, infection, speed, and some interference with innate responses (all predicted). But there will be an optimum reached. The gear change in infection and speed of the Delta variant was an unexpected one; requiring a third vaccine dose to ensure more optimal immune responses. Secondly is the mutation selection to reduce neutralizing antibodies, a difference with measles that has much less space to do so. This will give the virus more potential hosts and time to infect. This cannot be stopped, although the mutational space here will subdue a bit as well. There are areas within Spike that are not easy to alter due to functional and structural needs. It also cannot be stopped due to the nature of our own response: antibodies wane. They always do, no matter the vaccine or infection. On the short-term vaccines can prevent infection, reduce the chance over the mid-term, but they cannot stop it. You need constant vast amounts of antibodies to prevent respiratory virus infection and transmission. But you can prevent severe disease.

Because SARS-CoV-2 was new to our bodies: the immune response can be severe, such as cytokine storms. The response compares here well with a new strain of influenza. The acute response can be damaging to self in severe cases. Similarly, a temporal sensitivity to co-infections, bacteria, or fungi, can be seen. This is again to be expected to the naive immune status of adults, never having seen SARS-CoV-2 before.

There is yet another layer of complexity, mucosal immunity. Although B cells cannot continue to pump out substantial amounts of antibodies systemically, if all B cells would do that your blood with be a thick syrup, at the body´s surfaces, they can do this for much longer. But the cells that do this, plasma cells, will also die. There are specialized T cells, which can integrate at the site of infection, called tissue resident memory T (Trm) cells that can give immediate protection against infection. Without memory T and B cells, without immunity, the virus can be too quick to control and reach all organs in the body, with severe damage and pathology, therefore.
This means that hybrid immunity, vaccination, and infection, offers the best protection against infection, around 8 months. The 8 months infection protection is not dissimilar to our protection against other respiratory HCoVs, and, once immunity is synchronized, dictates a more seasonal pattern of SARS-CoV-2 infection. Again, that is textbook, but does not mean it cannot change from year to year, e.g., the RSV wave was in the summer of 2022, not that it cannot transmit out of season! We monitor SARS-CoV-2 a lot, e.g., via wastewater, which we do not do for other infections, which are around throughout the year, just at low transmission levels. 

There was no seasonal pattern for SARS-CoV-2; it was new for our immune systems. It could infect so many people with so much ease, it did not need more optimal conditions for infection. Yet, there was a gap between the March/April outbreak, and the subsequent autumn outbreak, the second peak caused by Alpha variant, causing many victims prior to vaccine roll out. There was a summer peak caused by Delta, with relative limited impact in counties' already with a high vaccination grade, but severe in others (e.g., India). Subsequently, there was the Omicron outbreak at the end of 2022, followed by rapid selection of subvariants later in 2022, such as BA.5. It has remained quiet since, in part due to less testing. Although wastewater analysis shows more distinct peaks, hospital records show the huge clinical impact of immunity.


Picture
In summary, SARS-CoV-2 is not an unfamiliar virus as far as our knowledge is concerned. It was a new virus for our immune system, but also that phase has passed. SARS-CoV-2 is adopting to a seasonal pattern, from the start in 2020, but due to its immune-novelty, and measures taken, that pattern is a bit more distorted yet. SARS-CoV-2 has gone endemic, we will be regularly infected. As we had written in 2020. It is important to note that "endemic" or "seasonal" does not imply dangerous or mild. It is and remains a pathogen that can cause damage and death. Seasonal also does not imply it cannot transmit out of season, the same as RSV, Influenza, etc.

In many aspects the virus and its response to it have been textbook. This also concerns its detection (PCR, antigen tests), its countermeasures (distancing, masks, testing, quarantine). For any following pandemic, all will be part of the playbook. 

Infections will remain; the virus will mutate, and our antibodies will wane. Every infection will boost immunity, new epitopes will become part of our immune memory: we will immunologically mature. Infection is unlikely every year, but every 3-4 years is quite possible, with asymptomatic or mild disease the most likely outcomes.
We have gained long-term, immunological memory to the virus, the same as we do against other pathogens. This was achieved with vaccination and infection. Continued infection may still strengthen this further. For other respiratory infections, we would have been infected several times before we reach adulthood. 
Adults now exposed to SARS-CoV-2 have not had the opportunity to build up immunity from an early age, so damage from a new pathogen was expected and vaccination has been an incredible help to avoid more. With vaccination we are like adolescents, with additional infections we will be immunologically speaking, adults again. This takes some time, nothing much more can be done about it.

There is a gap in our knowledge, for other pathogens as well, how SARS-CoV-2 can cause debilitating damage in some people with long-term consequences. We know too little about how this works, how to prevent, how to treat and heal. A new frontier of research that hopefully will bring understanding and solutions. 


In line with this, the WHO SAGE advice is that adults without underlying conditions should have three vaccine dosages. The elderly and vulnerable may need an annual booster to reduce infection chance and increase the memory pool. 
The role of children is a little more contentious: It is likely that they develop particularly good immunity and undergo SARS-CoV-2 infections well: just like all the other infections, thereby building up immunity. This is less clear in older children (>5 years), that should have two dosages of the vaccine to catch up on memory cell development. The next generation will be fine getting infected and building up immunity without the need of vaccination. But like for influenza and soon RSV, it would be right to offer the vaccine to those who want it and those vulnerable groups that need it.



2 Comments

March 23rd, 2023

3/23/2023

1 Comment

 
Er wordt bewust, ten onrechte, een conclusie gesuggereerd dat als de vaccins de menstruatiecyclus veranderen, ze schadelijk moeten zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid. “Menstruele veranderingen, zelfs met één dag in de cyclus, beïnvloeden de ovulatie, bevruchting, implantatie en baarmoederafscheiding. Dus elke verstoring zal vrijwel zeker leiden tot afname van de vruchtbaarheid."

​COVID-19 vaccinaties, vruchtbaarheid en menstruatie

Kort nadat de Covid-19-vaccins waren uitgerold kwamen er verhalen over de gevaren van die vaccins. Dit was geen verrassing, antivaxxers zijn een bekend fenomeen. Het is een lang bestaande beweging, doordrenkt in een bepaalde manier van denken. Je zou het een traditie kunnen noemen, een traditie die terug te leiden is naar het allereerste vaccin tegen pokken.
Eén van de meest ernstige bangmakerijen richt zich op vrouwen. Bangmakerij m.b.t. hun vruchtbaarheid en ongeboren baby's. Een zwangerschap of zwangerschapswens is een emotionele tijd, waar natuurlijk de gezondheid van moeder en baby vanuit alle hoeken wordt bekeken. Spookverhalen hierover, met vaccins in de hoofdrol, zijn al terug te leiden tot de allereerste vaccins. Kort na het begin van vaccineren tegen Covid-19- werden precies dezelfde spookverhalen gerecycled. Het vaccin zou de vruchtbaarheid negatief beïnvloeden en schadelijk zijn voor moeder en (ongeboren) baby. Er werd met cijfers gegoocheld die zouden moeten aantonen dat gedurende de 3 klinische trials van het Pfizer/BioNTech vaccin er veel miskramen zouden zijn. Gelukkig is hier geheel niets van waar. Leugens dus, maar de spookverhalen blijven rondzingen. 
‘De antivaxxer’ bestaat niet. Er zijn vele vormen van weerstand variërend van enigszins sceptisch tot aan volledig ondergedompeld in complottheorieën Er is ook nog een geniepiger vorm. Dat is de groep die naar eigen zeggen niet tegen vaccinatie is, maar wel luid twijfel verkondigd over nut en noodzaak van Covid-19 vaccinaties. Het komt voor onder alle lagen van de bevolking, ook bij wetenschappers en artsen, die eigenlijk beter zouden moeten weten. Echter, welke vorm dan ook, de argumenten die worden gebruikt zijn niet nieuw.  Ze zijn gelijk aan de spookverhalen die al rondgaan sinds de introductie van de eerste vaccins.  Die werden toen al afgekeurd als een aanval op de “vrijheid” van het individu en de “lichamelijke soevereiniteit” (van kinderen). De moderner klinkende uitdrukking "burgerlijke vrijheden" werd vaak ter sprake gebracht in de antivax discussies van 1860, en de woorden "despotisme" en "tirannie" waren toen al gebruikelijk. Er werden dramatische, bloemrijke voorbeelden van vaccinatieschade door het pokkenvaccin aangehaald en er waren beweringen dat de vaccinatie de patiënt de ziekte, waartegen gevaccineerd werd, of andere vreselijke ziekten bezorgde. Antivaxxers voerden destijds ook aan dat de ontwikkeling van vaccins overhaast was. Een andere parallel met de moderne antivaxbeweging was het pleiten voor ‘veilige’ pseudowetenschappelijke remedies in plaats van de ‘schadelijke’ vaccins. 

Één van de meest verwarrende berichten betreft effecten op de menstruatiecyclus. Sommige vrouwen melden korte veranderingen in hun menstruatiecyclus na een Covid-19-vaccin. Omdat er vaak veel variabiliteit is in periodecycli, was het niet duidelijk of de vaccins noodzakelijkerwijs de veranderingen veroorzaakten. Dit werd snel opgepikt door influencers en “freelancejournalisten” die hier een kans zagen om verwarring en twijfel te zwaaien bij bepaalde groepen, om zo draagvlak te creëren voor hun antivax agenda. Dit gebeurde vaak geniepig met zinnen als “ik ben niet tegen vaccineren, maar...”, “Ik stel alleen maar vragen”, “Maar wat als...”, “Stel je voor…”, “Op de lange termijn kunnen we niet zeker zijn...”. Als het gaat om de gezondheid, dan werkt het beïnvloeden van vrouwen, aanstaande moeders en kinderen in het algemeen zeer goed, Zij zijn vaak toch de primaire verzorgers en hebben een grote inspraak op beslissingen over het gezin en de familie. 
 
Behalve de vermelding dat er door vaccinatie geen bewezen negatieve verandering is m.b.t. vruchtbaarheid, het aanstaande moederschap en baby’s zal ik in dit blog niet verder op dit onderwerp ingaan. Veel data over de veiligheid en effectiviteit van vaccins in dit opzicht, is verzameld en overzichtelijk beschreven door Dr Vikki Male en kan hier gevonden worden: Explainer on COVID19 vaccine and fertility.docx - Google Drive
Ondanks robuust bewijs m.b.t. de veiligheid van Covid-19 vaccins, blijven sommige mensen wijzen op eventuele veranderingen in de menstruatiecyclus, om ongegrond te suggereren dat de Covid-19-vaccins onveilig zijn. Die suggesties worden onderbouwd met verkeerde cijfers uit de “Pfizer documenten” of via bekende antivax organisaties met (undercover) video’s van misleidende conversaties.’. Het is belangrijk om deze, expres emotionele berichten, te zien voor wat ze zijn; een tactiek om opinies te beïnvloeden. Ze zijn geen afspiegeling van de werkelijkheid.
De menstruatiecyclus is altijd onderhevig aan veranderingen. Het staat onder de controle van hormonen. Het niveau hiervan kan beïnvloed worden door externe factoren zoals: voeding, lichaamsbeweging, stress, medicijngebruik, maar ook ziekte en ontsteking. Het veroorzaken van een korte ontsteking is precies wat een vaccin doet. Die korte ontsteking veroorzaakt door het vaccin, wekt een immuunreactie op die je beschermt tegen een eventueel latere veel heftigere ontsteking, door het pathogeen waartegen gevaccineerd wordt.  Een goed voorbeeld is rodehond. Dit virus is erg gevaarlijk voor een ongeboren baby. Daarom wordt het aan ongevaccineerde vrouwen met een kinderwens sterk aangeraden dit vaccin alsnog te nemen. Ook dit vaccin, dat een levend RNA-virus bevat, veroorzaakt een kleine en korte ontstekingsreactie, en een kleine schommeling in de cyclus kan hierdoor soms plaatsvinden.

De zeer waarschijnlijke verklaring hiervoor ligt in de hoeveelheden hormonen en de functie van sommige immuun cellen. Ons immuunsysteem kan directe invloed hebben op onze hormoonspiegel via cytokines. Cytokines zijn stofjes die onze cellen uitscheiden en door je lichaam getransporteerd worden. Het zijn regelaars. Zo kunnen ze je een gevoel van honger of misselijkheid geven, maar ook je temperatuur aanpassen (koorts). Vele van deze cytokines hebben een directe invloed op immuun cellen die de afbraak van het baarmoederslijmvlies regelen. Het is dus niet zo dat het vaccin in de baarmoeder of eierstokken terecht komt, zoals soms ook beweerd wordt.
Het eerste gedetailleerde wetenschappelijke onderzoek met betrekking tot de vaccins en menstruatie, suggereerde dat Covid-19-vaccinatie veranderingen in iemands cyclus kan veroorzaken. Meerdere vervolgonderzoeken hebben nu aangetoond dat een Covid-19-vaccindosis gepaard kan gaan met een korte vertraging tot de volgende menstruatie. Dit is gemiddeld minder dan één extra dag. Deze vertragingen zijn binnen de volgende cyclus of twee verdwenen. Belangrijk om te onthouden is dat deze schommelingen geheel natuurlijk zijn en ook van korte duur. Daarnaast hebben diverse studies aangetoond dat er geen effect is op de vruchtbaarheid.
De deskundigen die de onderzoeken hebben uitgevoerd, wetenschappers en artsen, hebben dan ook benadrukt dat de veranderingen niet zorgwekkend zijn De menstruatiecyclus is van nature verschillend. Verschillend tussen vrouwen, maar ook verschillend van maand tot maand. Het is daarom moeilijk om vrouwen één-op-één te vergelijken. Veel onderzoeken kijken daarom voornamelijk naar veranderingen voor en na de vaccinatie bij dezelfde vrouw. 

Een aantal van de onderzoeken:

Een van de eerste onderzoeken volgde bijna 4.000 deelnemers in de VS die een normale menstruatie hadden en geen hormonale anticonceptie gebruikten. De vrijwilligers namen deel aan het onderzoek voorafgaand aan enige Covid-19-vaccinatie en ongeveer 60% van deze mensen werd gevaccineerd. 

Een vervolgstudie was een onderzoek bij bijna 20.000 mensen, deze vond een toename in cycluslengte van minder dan één dag die binnen één cyclus weer normaal werd. 

Een ander onderzoek, keek naar menstruatiegegevens die waren ingevoerd door bijna 10.000 iPhone-gebruikers en identificeerde een toename van de menstruatiecyclus van een halve dag of minder na een Covid-19-vaccin. Ook deze toename verdween binnen de cyclus na vaccinatie. 

Een klein onderzoek met 79 mensen in het VK, vond ook dat vaccinatie gepaard ging met een kleine vertraging in de volgende menstruatie, die snel weer normaal werd, zonder veranderingen in de cycluslengte bij gevaccineerde mensen die hormonale anticonceptie gebruikten.

Een studie onder bijna 4.000 verpleegsters in de VS, volgde mensen voor zes maanden en vond een 48% risico om een korte of langere menstruatiecyclus te hebben na vaccinatie, die bij het invullen van de volgende vragenlijst was genormaliseerd. 

Deze onderzoeken laten zien dat er geen verschillen zijn in bloedingstijd, maar, zoals geschreven, kan vaccinatie bij sommige vrouwen tot een verlengde cyclusduur (minder dan een dag) leiden. Binnen een groep vrouwen zijn er dus verschillen, met velen die geheel geen verschil wat betreft hun cyclus merkten en een klein aantal die één of twee dagen verlenging ervaarden. Dat laatste werd vooral opgemerkt als twee vaccinaties gegeven werden binnen één menstruatiecyclus. Al deze veranderingen verdwenen de volgende maand of maand daarna. Dit patroon wordt gezien door vele onafhankelijke onderzoeken in verschillende landen.

Natuurlijk is het goed dat vrouwen zich bewust zijn van de mogelijkheid, dat vaccinatie een milde invloed kan hebben op hun menstruatie. Daarom is het ook mogelijk om dit te melden als bijwerking en staat dit sinds enige tijd ook vermeld als mogelijke bijwerking van het vaccin. Dat wil niet zeggen dat deze of andere bijwerkingen ook optreden, of serieus van aard zijn. Toch suggereren mensen op sociale media dat de cyclusveranderingen een bewijs zijn van vaccinatieschade.

Dit wordt steeds herhaald, door grote internationaal opererende organisaties en politici en snel verspreidt door de hierboven genoemde influencers en “freelancejournalisten”. Vooral als deze schrijven voor- en invloed kunnen uit oefenen op vrouwen en (aanstaande) moeders, door het plaatsen van suggestieve opmerkingen over correlaties zonder causaal verband.  Zoals: “Veel vrouwen hebben problemen met hun menstruatiecyclus gemeld na het nemen van de vaccins.” Of: “vrouwen hebben miskramen gemeld na vaccinatie. We hebben antwoorden nodig. Is het vaccin wel veilig?”

De suggestie wordt gewekt dat de genoemde miskramen door vaccinaties komen. Het is helaas een feit dat 10-20% van alle zwangerschappen in een miskraam resulteert. Maar dat wordt bewust niet benoemd. Daarnaast is er zeer veel wetenschappelijk bewijs dat miskramen niet vaker voorkomen na COVID-19 vaccinatie. De vaccins zijn veilig voor en tijdens de zwangerschap, en beschermen moeder en baby zeer goed.

Er wordt bewust, ten onrechte, een conclusie gesuggereerd dat als de vaccins de menstruatiecyclus veranderen, ze schadelijk moeten zijn voor de vrouwelijke vruchtbaarheid. “Menstruele veranderingen, zelfs met één dag in de cyclus, beïnvloeden de ovulatie, bevruchting, implantatie en baarmoederafscheiding. Dus elke verstoring zal vrijwel zeker leiden tot afname van de vruchtbaarheid." Dit is geheel ongegrond. Talrijke studies hebben geen enkel effect van vaccinatie op de vrouwelijke vruchtbaarheid gevonden. Studies vinden zelfs geen significante invloed op de menstruatiecyclus waarin iemand wordt gevaccineerd. De mogelijke verstoring is gemiddeld minder dan een dag. Dit betekent niet dat een verstoring helemaal niet kan voorkomen, en het betekent ook niet dat als het voorkomt het daadwerkelijk door de vaccinatie komt. Met zo´n groot aantal mensen gevaccineerd op dezelfde tijd, tijdens een pandemie die levens veranderde, zijn er veel dingen mogelijk, ook veel die gewoon toeval blijken.

Belangrijkste vraag is, hoe gaan we deze desinformatie tegen? Hier is een belangrijke rol weggelegd voor de media, die deze boodschappen een platform geeft. Daarnaast moeten sociale media platformen hand in eigen boezem steken. Zij hebben het bereik van de antivax beweging de afgelopen jaren aanzienlijk vergroot. Het internet heeft ook een reeks alternatieve gezondheidsbeïnvloeders, van wie velen antivaccinatie-inhoud op sociale media posten, een groter en internationaler bereik gegeven. De belangrijkste rol is weggelegd voor artsen en wetenschappers. Zij kunnen uitleg geven over hoe de vork werkelijk in de steel zit, het liefst met hulp van diezelfde (sociale) media. Maar ook daar zitten notoire desinformatieverspreiders tussen. In Nederland hebben we bijvoorbeeld Het Artsen Collectief, wiens foutieve boodschappen veel meer tegengas zouden moeten krijgen door betere en duidelijkere uitleg. Hier is ook een belangrijke rol voor beroepsorganisaties weggelegd, om beschikbare informatie uit onderzoek duidelijk uit te leggen in vakbladen naar collega’s en ook in huis-aan-huis bladen en de media. Arts en Auto, Medisch Contact, en multimedia platformen die alle artsen en ook studenten geneeskunde bereiken zouden hier een speerpunt van moeten maken. 
1 Comment

SARS-CoV-2 ORF3c suppresses immune activation by inhibiting innate sensing

3/2/2023

0 Comments

 

Context: any virus tries to reduce immune detection and response.
​Read beyond the headlines.

This article deals with SARS-CoV-2 and how it tries to reduce our immune response against itself.

Pathogens are detected via different pathogen recognition receptors (PRRs). For RNA viruses, RIG-1, MDA5 are two of those PRRs. 
​Source
Picture
This preprint shows SARS-CoV-2 ORF3c reduces RIG-I- and MDA5-mediated immune activation and interacts with the signaling adaptor MAVS. The reduction is clear, but do keep in mind that this is a reduction, not absence of a response.
Picture
Is this new? No, this immunosuppressive activity of ORF3c is conserved among members of the subgenus sarbecovirus, including SARS-CoV and coronaviruses isolated from bats. But it is important to know, and these functional assays will be important to understand any mutations that may be selected in this protein and its functional consequences.
Picture
The authors also show that this protein is not essential for virus replication in vitro. Proteins in other viruses, such as Influenza A Virus protein PB1-F2242 and HCV protein NS3/4A, can also inhibit innate sensing by binding to MAVS;

Influenza Virus Protein PB1-F2 Inhibits the Induction of Type I Interferon by Binding to MAVS and Decreasing Mitochondrial Membrane Potential | Journal of Virology (asm.org)

Hepacivirus NS3/4A Proteases Interfere with MAVS Signaling in both Their Cognate Animal Hosts and Humans: Implications for Zoonotic Transmission | Journal of Virology (asm.org)

0 Comments

T cell responses: a feedback mechanism

3/1/2023

0 Comments

 

Suppression of Cytotoxic T Cell Functions and Decreased Levels of Tissue-Resident Memory T Cells during H5N1 Infection

T cells are, broadly, divided into two main subsets, those expressing CD4 and those expressing CD8. The first are helper T cells (Th); they help many other immune cells to perform better. The latter are cells that can directly kill infected cells, then called cytotoxic T lymphocytes (CTLs).

A virus infection induces a strong T cell response. In the case of a virus; a type-1 response: involving Th1 cells (CD4) and CD8 T cells. These cells are known to make the cytokine interferon-gamma (IFNg). They express activation markers, including CD25, but also PD-1, and TIM-3.

When there is a heavy infection, there is a feedback mechanism. The T cells can now express interleukin-10 (IL-10). IL-10 is an inhibitory cytokine, which will dampen the response to try and limit immune-induced pathology/damage. This is observed in many type-1 infections, such as SARS here above, and for the Malaria-causing parasite plasmodium here, where the IL-10 can also cause loss of the control of the lung microbiota. This loss of control can contribute to secondary infections. These secondary infections are well-known to play a role in influenza infections, where many patiënts do not die of influenza virus only, but of secondary bacterial or fungal infections. 

As is also described here in this paper,
"
Suppression of Cytotoxic T Cell Functions and Decreased Levels of Tissue-Resident Memory T Cells during H5N1 Infection".

But some will be fooled by reading the title only. What the paper shows in mice is a heavy H5N1 infection; strong T cell activation, PD-1 is expressed, and yes, the cells express IL-10: they are highly stimulated. 
This does not mean the response to influenza itself is per se suppressed: it is a attempt to spare further lung damage and is normal. It does come at the cost of slower viral clearance: but that is offset against not damaging your lungs too much! An excellent deal.


Picture
Indeed, subsequent infection with a slightly different influenza virus, which shares antigens, shows that the response is robust and protects the mice very well against reinfection. This is also what the authors report.
Picture
The reason is that although the response is purposely curtailed to reduce damage, and consequently the virus is cleared later, and you make fewer memory T cells. But you do make good amounts of memory T cells that rapidly expand when needed and are particularly good at killing.
Picture
What this means is, the immune response is purposely blunted; it results in slower viral clearance, a less robust response and less memory T cells, but also less lung damage! Subsequent challenge with a remarkably similar virus for which memory T cells are protective, shows also no subsequent negative impact.
Picture
0 Comments

Dissolution of Spike Protein by Nattokinase --- A caution

2/22/2023

0 Comments

 
Picture
Some doctors and scientists end up in the business of selling supplements, vitamins, even superfoods. If you agitate against vaccination against a dangerous virus that caused a pandemic, killing millions of people, you have already been in trouble, but you do have an audience. An audience that has been exposed to much mis- and disinformation. Unfortunately, some more is added.

"Far and away the most common question I get from those who took one of the COVID-19 vaccines is: “How do I get this out of my body?”

This is not a very scientific question: mRNA is very unstable and disappears in a matter of hours to days, unable to be used as template to make Spike protein. In the COVID-19 vaccines it is administered in lipid nanoparticles (LNPs) to swiftly enter the first cells it encounters.
Best to up the antics a bit then?


"
The mRNA and adenoviral DNA products were rolled out with no idea on how or when the body would ever breakdown the genetic code. The synthetic mRNA carried on lipid nanoparticles appears to be resistant to breakdown by human ribonucleases by design so the product would be long-lasting and produce the protein product of interest for a considerable time period. "

​Now we know this is not true. (1) (2) (3); but not everyone knows that. But you can push this and claim it is a problem?

"
However, it is a big problem when the protein is the pathogenic SARS-CoV-2 Spike. "

Now you have warmed up your audience, going for the solution! Of course, it happens to be in stock, at a reasonable price....

"
The greatest hope for detoxification is a proteolytic agent such as nattokinase, a natural product derived from the fermentation of soy."

Oh dear "detoxification" of something that is not there. For good measure "natural" thrown is thrown in, like as if the totally natural cyanide is a health benefit.

What is nattokinase? Sounds excotic, and it is! It is a protein derived from a dish consumed in Japan, called nattõ: boiled fermented soybeans. Yes, soybeans that have undergone fermentation with the help of specific bacteria; 
Bacillus subtilis. It has a ammonia-like smell, many say it is smelly, and a mucus-like consistency: not to everyone's taste!

(Image credit: Kuppa_rock/Getty Images)
The traditional breakfast dish, dating back to around 700 AD, is liked by 62% of Japanese people. But, 13% dislike it. Yet, many eat it because it is supposed to have health benefits: it is said to improve blood flow and reduce the risk of stroke: keeping death away. Now, there is a long history, going back to the beginning of the 20th century and involving many eminent scientists, to now that does show that fermented foods may have health benefits: including nattõ. It may depend on its mix of iron, protein, high vitamine E, K and B6, and especially its high fibre content.

"
a higher intake of fermented soy was associated with a lower risk of mortality. A significant association between intake of total soy products and all cause mortality was not, however, observed. The findings should be interpreted with caution because the significant association of fermented soy products might be attenuated by unadjusted residual confounding."

But back to the protein, nattokinase. Like anything, it is widely available on the internet in pill form. It is advertised to prevent
cardiovascular diseases including heart disease, high blood pressure, high cholesterol, and stroke. BUT: there is no solid scientific data to support these claims.  So, why not add another one:

"
Degradation of the Spike protein without damage to cells and tissues can be viewed as a therapeutic goal for the vaccine injured. With the respiratory infection, Spike is processed and activated by cellular proteases including transmembrane serine protein 2 (TMPRSS2), cathepsin, and furin. With vaccination, these systems may be avoided by systemic administration and production of Spike protein within cells. "

Here your heart just skips a beat! A "clever" mix of half-truths and a lie. Spike protein is processed, and rapidly cleared. The cells producing it will be killed by your immune system, just like when they are infected with a virus. We also have enzymes that process Spike; SARS-CoV-2 makes use of these to enter our cells. But, now the killer; "
With vaccination, these systems may be avoided by synthetic administration and production of Spike protein within our cells". One could argue that the mRNA is synthetic; it is made in vitro, but by similar enzymes. It is made much like our own mRNA; it has to be, otherwise our enzymes, ribosomes, would not recognise and use it to translate it into protein. BUT: they are your own cells that make Spike! There is absolutely nothing synthetic about that, and it will be recognised by your own enzymes, of course. 

But, you have a product. So, you come up with scientific literature. First this paper, If you add nettõ or nettokinase to Petri dishes, it can dissolve fibrin. Interesting, but still far removed from any clinical use. This paper has this as only figure, Figure 1 is a picture of nettõ, Figure 2 is the Petri dish, Figure 3 a schedule and, Figure 4 is advertisement for nettokinase pills! There are several papers from 1990, no strong solid scientific data; besides a hint of fibrinolytic activity; preliminary indication to prevent deep vein thrombosis and lower blood pressure. All need clinical studies. 
There has not been solid studies on cancer either, although it is claimed that nettokinase helps against that as well.  It could also increase risk of bleeding.

Now we have a pandemic, so someone was bound to try nettokinase: and they did.
"
When cell lysates transfected with S protein were incubated with nattokinase, the S protein was degraded in a dose- and time-dependent manner." So, an in vitro study; that is all it shows. A previous study, shows exactly that in total nattõ extracts: in vitro. This is the result of the protease activity of nettokinase. Whether that is of therapeutic use, is quite something else.

But: "Thus, an empiric starting dose could be 2000 FU twice a day. Full pharmacokinetic and pharmacodynamic studies have not been completed, but several years of market use as an over-the-counter supplement suggests nattokinase is safe with the main caveat being excessive bleeding and cautions with concurrent antiplatelet and anticoagulant drugs." that is a dangerous recommendation, trying to soften it a bit at the end. It is dangerous because it is utterly unnecessary to deal with any vaccine Spike protein since it is rapidly cleared (except were needed on fDC to enable good antibody production). It is not responsible to recommend a substance that has not been tested for this purpose and for which there is no clinical data that it even can achieve this. It is also not responsible to use this in case of SARS-CoV-2 infection, its potential anti-coagulation properties and unknown interactions with other processes and medication make this a very risky undertaking.

​
Please do not use this for any vaccine issues.

0 Comments

Integrated single-cell analysis unveils diverging immune features of COVID-19, influenza, and other community-acquired pneumonia

2/21/2023

0 Comments

 
This is not specific for the above paper, however, serves to make an important point.

When you want to study SARS-CoV-2: you study the virus, ist near 30kb genome, its 29 proteins. You can alter them, you can cut them out and study them in isolation, it informs about that protein, that virus.
If you want to know about the immune response, you expose model animals, or look at people post infection. This informs about the level of immunity, the robustness, the type of antibodies, the epitopes targeted, the length of protection and waning against infection. All great information.

BUT

If you want to say something about how the virus behaves and want to make a point it behaves different or is in anyway special. Now you need controls. The more the better, but at least some relevant infection controls. Why?

SARS-CoV-2 is a virus, so we know, from many detailed experiments in the past century, it will invoke an immune response. We know, for any pathogen, that antibodies will be made, that T cells will be activated, that a memory compartment will be filled with memory B and T cells specific for this pathogen. This really is immunity 101. 
We also know there is an acute infection phase, that innate immunity will play a very important role at the start: much IFN will be produced, cells will be activated! Oh yes, many cells will be activated, they will be recruited from the bone marrow, into the blood stream, and subsequently into the tissues. Proportions of cells can dramatically change!
Dendritic cells and monocytes will eat pieces of the pathogen, and change their function! Yes, they do change their function; they eat less, become less responsive; their job is now to take the pieces of the pathogen to the lymph nodes.

T and B cells will be tested in the lymph nodes to select those specific for the pathogen pieces. They will be expanded: express many markers that immunologist know well. Some are mistakenly used as "exhaustion markers": like PD-1, TIM-3, LAG-3: they are activation markers, also expressed on so called exhausted cells. But, you can also call cells exhausted if you functionally test them!
T cells move from the blood into the tissues: there may be a drop in total T cells at that moment.

When the pathogen is cleared; T cells die!! Oh, that sounds bad; but it is normal: always happens. You do not need millions of them any more; you cannot store and maintain them. You do keep a few 1000s: memory T cells for a re-encounter. But not all will be immediately back to base! Your immune system is not a tick tock movie of 30 seconds! T cells numbers will keep patrolling the tissues for longer. Monocytes, neutrophils, macrophages, etc will be needed to clean up any debris, and play important roles in tissue repair. Their presence is not something scary!

Now, why this paper? If you would actually use infection controls: you would immediately notice that all the above is normal. Important is to compare similar time points in infection, compare similar types of infection, and be clear if you compare immune naive (any SARS-CoV-2 infection prior to vaccines) or those after a level of immunity has been acquired. Single-cell RNA-sequencing generates enormous amounts of data. What is physiologically important? How many "populations" are really populations, how many are virtual?


This paper show that "The immune response in COVID-19 is characterized by an expansion of CD8 EMRA-like T cells and type I interferon-stimulated NK cells, both demonstrating high cytotoxic potential." That makes perfect sense. Then they properly compare SARS-CoV-2 with Influenza: be careful: kinetics can be a bit difference, SARS-CoV-2 patients are immune naive (prior to June 2020), Important as well; these are hospitalized patients; the authors are aware that this may have shortcomings and may show an aggerated response: they highlight that in the discussion. 

Flu patients will not be. So you expect some differences to be found: more expansion and more robust inflammation in the SARS-CoV-2 cohort compared with a more memory reactivation response in influenza. 
This means in SARS-CoV-2 infection you notice more differences in the naive T cells compartment, stronger activated CD8 T cell response: in the influenza cohort the response is more subdued. The authors very appropriately are careful with their conclusions:

"together, these findings indicate an important role for cytotoxic T cells with EMRA-like features in controlling the virus both in influenza and COVID-19 pneumonia, although it would be informative to contrast these findings with the T cell response in infections that do not require hospitalization."
"Overall, the proportional expansion and activation of CD8 T and NK cells, together with a potent interferon response could be indicative of a homeostatic response to a viral infection. While in this regard it would be of interest to compare patients with different disease outcomes, we deemed the number of patients with a complicated outcome in our cohort too small to justify such an analysis."
"
non-classical monocytes preponderated, characterized by enhanced expression of genes involved in MHC-II signaling. This, together with the differential lymphocyte responses discussed above, clearly suggests that the peripheral immune response in CAP depends at least in part on the type of causative pathogen."

No scaremongering, no excaturated conclusions: stating the observations, being careful with the context. This is how it should be done.


0 Comments

Herd Immunity

2/21/2023

0 Comments

 
Group or herd immunity is still a difficult but important scientific concept. No, it does not mean there are no infections, also not that a virus will disappear. And no, no "definitions" have been changed, although definitions are often loosely used.

​

In simple terms; if you are not infected: you cannot pass a pathogen on. If you are infected, and deal with it very quickly; you reduce the time, the chance and the load of passing a pathogen on. If enough people have this immunity, the impact of the pathogen will be curtailed. Group immunity does not mean "sterilising immunity": does not mean SARS-CoV-2 disappears, does not mean we will not have infections, does not mean COVID-19 will not happen. Biology is much more nuanced: different viruses can not be compared 1-to-1.

Many people think of measles and equate this to group immunity. But:
1) we do get infected with measles. This has been pointed out many times.
2) measles virus has a different infection "strategy": it infects mainly the non-immune. This means children in many counties: unless you are living on a island then it will be hit in generation cycles, adults and children.
3) Measles has this "strategy" not by choice, it has a high resistance to antigenic evolution. It cannot change much, and hence avoiding neutralizing antibodies is not an option.
4) But, antibodies wane! Indeed they do, and that is why Measles virus can infect. But, it has a long incubation time. By the time the virus gets going (~8 days) your immune system has frequently cleared it and you are none the wiser you were infected.

But some people do get measles; and that has bad consequences. The frequency is low: yes, bc of group immunity, achieved due to childhood vaccination. Transmission risk is very low, so cases are very low! 
SARS-CoV-2 is a respiratory virus that can mutate well. The combination of new variant selection, overcoming neutralisation antibodies, and antibody waning means we will get frequently infected. But, we do acquire immunity that reduce waves and impact.
We will collectively (individual differences) keep waves at bay for a good ~8 months. But (!), it takes time to achieve this. Time to synchronise people´s responses to a collective: that will force a more seasonal infection pattern. And no, we are not there yet, but we are close. The impact of a new wave is very noticeable less than the early waves. No/limited testing does hide the current waves, but wastewater testing do highlight them.
Picture
A relatively modest first wave with high casualties: a second wave (alpha and Xmas). Then vaccinations began: large cases episode (Omicron) with relative much fewer casualties, providing (hybrid)-immunity. *limited testing from second half 2022. Wastewater monitoring, such as here in NL; shows the distinct waves no longer seen due to absence of large population-based screening; but underpinning the strength of immune protection against disease that holds.

Picture
Note that wastewater monitoring for SARS-CoV-2 has been unprecedented and other viruses are also much more prominently present than based on screening cases alone.

Then new waves will keep coming; we will not be infected every year, but the chances are ~3 years: not dissimilar than other respiratory viruses. That will provide us with a boost in immunity, and we will continue to contribute to group immunity; reducing viral spread (when not infected), reducing the time (immune response is quicker) in which it happens, reducing the viral load (immune response is quicker, infected cells killed) and the infectiousness (opsonization and neutralisation of released virions). 

Bron  Seasonality of Common Human Coronaviruses, US, 2014–2021
Picture
​
0 Comments

Transcriptional reprogramming from innate immune functions to a pro-thrombotic signature by monocytes in COVID-19

2/17/2023

0 Comments

 
What does this publication say and mean?

First of all: there is always a lot of data, and it is understandable the public want to know: public health is very important. But, not every scientific detail needs to be flagged up; it is often not helpful nor informative.

The basic finding in this manuscript is that a type of white blood cells, monocytes, that move to where an inflammation is and contribute to immune response by interacting with other cells and cleaning up debris, change focus DURING infection. This is how it is supposed to be!

Important as well, found in the methods section; "Samples were collected from March 2020 to February 2021 and none of the participants had received a COVID-19 vaccine." So, no prior immunity! Monocytes float in the blood, are generated in the bone marrow, and largely mind their own business. Till they get recruited to a site of inflammation. At that site they get activated; you expect to see this during a SARS-CoV-2 infection, and indeed the authors report this.

Activation for monocytes is needed so they change function: also normal. The function moves from detecting pathogens and responding to them in the very initial phase, to helping clear up the debris, damage and to repair the tissues.
​(source picture Monocyte recruitment during infection and inflammation)
Picture
When activated, monocytes can differentiate into other cell types: macrophage or dendritic-like cells and have different functions. Hence; comparing monocytes from healthy, not infected people, with monocytes from infected people; there will be lots of differences! This is a given.

Monocytes change from their initial function to sample their environment and helping to stimulate other cells. This you can detect because they have less molecules that, for example, stimulate T cells (HLA, CD80, CD86, etc). And NO, that is not "dysregulation": that is normal and quite subtle! Just a little less.
Picture
And, if you use those previously activated monocytes and compare them with not already activated monocytes, then they are less good in helping T cells. BUT: if you have another infection, you will recruit NEW monocytes and you will be absolutely fine stimulating T cells!
Picture
The authors found, interestingly, that the monocytes from patients with acute COVID-19, show a pro-thrombotic phenotype characterized by increased expression of pathways involved in immunothrombosis and increased capacity to form cell aggregates with platelets.
Picture
A pro-thrombotic transcriptional programme, which was functionally tested, and shown to hold true;
Picture
But, is this something to be worried about? An important question is of this is COVID-19 specific. That was not tested at all, and can not be concluded. And yes, thrombosis may be a more general pathway as result of an infection and subsequent response.

See for example: Understanding Infection-Induced Thrombosis: Lessons Learned From Animal Models

The conclusion is thus not that SARS-CoV-2 causes immune damage, dysregulation or tolerance, it is also not that it always causes blood cloths, although that is a risk with many things, including infections, and can be prevented with vaccination.


Clinical and Genetic Risk Factors for Acute Incident Venous Thromboembolism in Ambulatory Patients With COVID-19

To wrap up. Acute COVID-19:
- results in monocyte recruitment, activation, differentiation
- this, as expected, makes those monocytes less responsive to new stimuli
- and those monocytes promote clotting, which may not be COVID-19-specific
- new monocytes are constantly made and will be ready for a new infection and behave as you would expect: protecting you from severe disease

And that is all.
0 Comments

A Case Report: Multifocal Necrotizing Encephalitis and Myocarditis after BNT162b2 mRNA Vaccination against COVID-19

2/17/2023

0 Comments

 
Part of Twitter went once again going into nonsense mode with this case report.

A case report is the writing of observations of, usually, a single or very few patients. That is the case here too, a 76 year old man with Parkinson's disease. It was peer-reviewed, although the question is whether that was done well: the reviewers had no substantive comments, which is strange.

Picture
You may also wonder how objective the editor and reviewers (MDPI) were since this "article" is part of a requested series that specifically aims to highlight vaccine side effects. Nothing wrong with doing that, but this is prone to abuse in the current circumstances.
Picture
Now, nothing specific has been found regarding the patient's death. However, he was vaccinated 3x, as you would expect at that age and with the importance of doing so. The writer, a single author of this work, makes a very strong conclusion, without any additional data or substantiation, indicating that he is not very objective:
Picture
To call the vaccines a "gene-based vaccine" is another red flag. This is also evident in the introduction, where typical antivax claims and suggestions are repeated regarding speed of development and testing. There are also no other studies by this author. The article describes some findings that fit the age of the man and the disease he was suffering from: Parkinson's disease; such as inflammation in the blood vessels, arteriosclerosis (age) and brain (disease). The writer claims this must be the vaccine; without evidence or other data. The patient died of a myocardial infarction, causing additional damage, including broken ribs from resuscitation.
​
Spike protein is said to be detected, after 3 weeks of vax, in blood vessels from figure 9. Only in blood vessels, not in brain tissue, and heart. This is a surprise.

This is a surprise because it has been previously tried to detect Spike by many, and with very sensitive tests. This was observed, in very low, yet detectable concentrations, 2 days after vaccination. Except, of course, where parts of Spike protein should be; very special cells in the lymph nodes called fDC.

It is possible that this patient with many underlying conditions responded poorly to the vaccine: but this article does not show that. It is clear that this patient is not characteristic of the majority of the population. This is, at best, an exception. The method of Spike detection is not strong, and based on 1 technique, not standardly used in this way. As the writer also points out, this needs at least a second, unrelated, method. This was is not done. However, the author goes out of his way to correlate vaccination with symptoms. This is not scientific and, even if there was a connection, does a huge disservice to others who do have vaccine side effects.
0 Comments

Long COVID manifests with T cell dysregulation, inflammation, and an uncoordinated adaptive immune response to SARS-CoV-2

2/12/2023

0 Comments

 
No, this is not a pre-print about T cell dysregulation due to SARS-COV-2. It compares 27 people with LongCOVID (LC) to 16 controls and observe there is more immune activation in LC patients. The interpretation and context of the results are provided below.

​All data are from the pre-print unless otherwise mentioned. 

​The cohort is from the first C19 waves; no vaccines.
The authors find difference in LC patients (n=27) in T cell subset distribution in ways that imply ongoing immune responses, as well as by sex-specific perturbations.

Please do interpret this correctly!
The graphical abstract:
Picture
LC patients show an increased frequency of CD4+ T cells poised to migrate to inflamed tissues (chemokine receptor expression level; see below). The authors claim to observe "exhausted" SARS-CoV-2-specific CD8+ T cells, and detect higher levels of SARS-CoV-2 antibodies. All this strongly suggests there is ongoing immune activation in LC patients.

Important: The numbers of T cells and cytokines in blood are similar between controls and LC patients:
Picture
When looking at all (total) CD4 T cells, there are some minor differences: More central memory T cells, more circulating follicular helper T cells and regulator T cells are found in LC patients blood.
Picture
This is however not observed in the SARS-CoV-2-specific CD4 response in the blood: i.e. in only those CD4 T cells that are specific for proteins of SARS-CoV-2. This at first sight suggests that in most of these 27 patients, extended SARS-CoV-2 infection itself may not be the predominant cause of the activated immune phenotype.
Picture
However, a closer look within the SARS-CoV-2 specific CD4 T cells suggests there may be an effect from a longer infection period. There are some very specific differences: increased expression of some chemokine receptors. This includes CXCR5, which is important for the interaction between T and B cells and entry in the germinal centres where B cells are instructed to make antibodies and mature their antibodies. CXCR4 and CCR6 are involved in recruitment and migration to places of inflammation and mediate cell-cell interactions. However; note that these are relative subtle differences.
Picture
In the CD8 T cell subset, there are no general differences in the total population of T cells. But in the SARS-CoV-2 specific CD8 T cells there are some differences in activation markers. The authors may call this "exhaustion", but there is no functional evidence for that conclusion. This seems a strong statement that is not backed up with the data shown. I would think that these cells are likely to respond fine when tested, Additional data seems to suggest this is the case. 
Picture
Why is it not sufficient to make claims about T cell exhaustion with the data the authors show?

A great example why functional data is important to claim exhaustion is that these same markers also indicate activation, even when cells are restimulated for 51x over 10 years (mouse). The markers often used to indicate potential exhaustion; PD-1, TIM-3, etc, are highly expressed by these cells, yet, they perform their functions fine. These same markers are also indicative of T cell activation.
Picture
-In LC patients there is an enhanced immune activity. It can have many causes: longer presence of SARS-CoV-2, reactivation of herpes viruses, reduced IFN responses, problems with cleaning up debris, etc. This we need to understand. In some there is a increase in IL-6: inflammation.

-Again not a manuscript that shows T cell dysfunction caused by SARS-CoV-2; these are LC patients and there will be an underlying reason for some perturbations. -It also does not show T cell exhaustion; there are no functional data that support this. Cytokine production is fine!

Picture
-It does show good T cell numbers, CD4 and CD8 (NO T cell depletion), and good functional T cell responses. There are subtle differences, measurable, that could be meaningful: but we do not know cause and effect.

-Remember this is in LC patients only and should not be applied to the whole population.
0 Comments

Dit zijn de feiten, prove me wrong - Willem Engel na drie jaar Corona

2/9/2023

1 Comment

 
“Iedereen die verstand van zaken heeft en die op inhoud kan zeggen wat die Engel daar zegt dat klopt niet, wil ik spreken”. Engel praat graag, gebruikt een hoop woorden, maar zegt eigenlijk helemaal niets. Hij suggereert veel, veel onwaarheden vooral; smoke and mirrors.

Picture
Om grondig te kunnen onderzoeken, is het belangrijk dat de interviewer gericht en relevante vragen stelt en de antwoorden ook opvolgt. Hier krijg je echter niet het gevoel dat dit gebeurt. Alles wat gezegd wordt, wordt zonder verder onderzoek of vragen aangenomen. Dit onder de titel "ontdekte leugens", "voorwaarheid", "dossiervorming" en "voor later zullen we maar zeggen".

De ongepaste introductie zet gelijk de verkeerde toon. De onderwerpen besproken zijn:
  1. Waar komt SARS-CoV-2 vandaan?
  2. Hoe werken de vaccins?
  3. Bijwerkingen van vaccins.

Er wordt nog wat gepraat over "wordt niet onderzocht" en "verontrustende signalen", wat duidelijk maakt dat wetenschappelijk onderzoek niet serieus wordt genomen en alleen anekdotes geloofwaardig zijn.

1) Waar komt SARS-CoV-2 vandaan.
Antwoord: De precieze oorsprong van SARS-CoV-2 is niet bekend, maar de meeste experts denken dat het waarschijnlijk is overgesprongen van een dier, beginnende met een vleermuis, naar mensen. Er is veel data die dit ondersteunt, aangezien vleermuizen veel verschillende coronavirussen dragen en deze virussen vergelijkbaar zijn met SARS-CoV-2. Het verschil met andere coronavirussen is vaak zeer klein. Ook SARS-CoV-2 en het coronavirus HCoV-NL63, waar mensen zich mee kunnen infecteren, maken beide gebruik van de ACE2 receptor. Er is geen exact bewijs voor de afkomst van SARS-CoV-2, maar er zijn vele goede argumenten en aanwijzingen die een natuurlijke afkomst waarschijnlijk maken. Het is echter zeer moeilijk om 100% zeker te weten wat de voorganger was van SARS-CoV-2 en de kans om dit te vinden is zeer klein.

Dit antwoord heeft een versie met bron vermelding;
Vleermuizen dragen vele coronavirussen met zich mee, niet alleen in China.
https://www.nature.com/articles/s41467-021-21240-1
 
Vleermuizen in het VK hebben veel gelijksoortige virussen:
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1616501903097057280?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg
 
Het verschil met andere coronavirussen is vaak zeer klein:
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1595698825817198592?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg
 
En ja, ook die maken gebruik van ACE2, net zoals een coronavirus waar we zelf vaak mee geïnfecteerd raken: HcoV-NL63.
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1600601056911757325?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg
 
De exacte afkomst van vele virussen is zeker niet geheel duidelijk.
https://www.nature.com/articles/s41579-021-00652-2
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1549191446749745154?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg

 
En nee, dit geldt niet alleen voor coronavirussen, maar voor vele andere virussen en tussen-diersoorten ook.
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1594320046297432064?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg
 
Het is waarschijnlijk, maar er is geen zekerheid, dat SARS-CoV-2 van vleermuizen komt en er kan, maar zelfs dat hoeft niet per se, een tussendiersoort te zijn.
https://twitter.com/Marc_Veld/status/1375926893678104577?s=20&t=n6Jafpzax6xhVSJcaS1mfg
 
Er is en blijft een kans want veel mensen komen in contact met vleermuizen en daarmee dus ook met de virussen die ze bij zich dragen. Hier was al veel vaker voor gewaarschuwd:
https://www.science.org/doi/10.1126/science.1118391
https://www.nature.com/articles/nm.3985
https://www.nature.com/articles/d41586-022-02153-5

 
SARS en SARS-CoV-2 zijn Lineage-b bèta coronavirussen. Dus van eenzelfde oorsprong; vleermuizen. Beide hebben geen HE gen. Maar; SARS-CoV-2 heeft duidelijke verschillen, belangrijkste de furin-cleavage site alleen gevonden in RaTG13 SARS-like vleermuis coronavirus en pangolin coronavirussen. 
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04532-4
https://www.nature.com/articles/d41586-021-02596-2

 
Vele experts hebben zich gebogen over de herkomst van SARS-CoV-2. Er is geen exact bewijs, maar er zijn vele goede argumenten die natuurlijke afkomst het meest waarschijnlijk maken. https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214427119
https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2202871119
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9
https://www.science.org/content/article/evidence-suggests-pandemic-came-nature-not-lab-panel-says  
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh0117

 
100% zeker weten wat de voorganger was van SARS-CoV-2 is zeer moeilijk en de kans om dit te vinden is zeer klein.. https://www.nature.com/articles/d41586-022-03611-w
​
Er zijn goede pogingen geweest: ze kunnen niet uitsluiten dat er een alternatieve oorsprong is; maar de grootste waarschijnlijkheid ligt toch echt bij een natuurlijke oorsprong.
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8715
https://www.nature.com/articles/d41586-022-00584-8
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013935122010295

 ​

Wat zegt Engel, als niet viroloog en niet wetenschapper, hierover? Hij is een aanhanger van de "lableak" theorie. Het virus is gemaakt, of op zijn minst aangepast, in een lab. Zijn argumenten:

A) Het is eerder is gebeurd.

Bij deze theorie is het argument dat het in het verleden al vaker is voorgekomen dat virussen uit laboratoria zijn ontsnapt. Echter, er is tot nu toe geen bewijs gevonden voor deze bewering voor SARS-CoV-2 en de meeste wetenschappers en virologen denken dat SARS-CoV-2 natuurlijk is ontstaan en niet in een lab is gemaakt. Het is belangrijk om wetenschappelijk bewijs te overwegen bij het beoordelen van theorieën en te vertrouwen op de conclusies van experts in de velden van virologie en epidemiologie.

Er worden in vele laboratoria met virussen gewerkt. Dit is om ze beter te begrijpen en er medicijnen en vaccins tegen te ontwikkelen.

​
B) Iemand anders heeft een analyse gedaan, arts Steven Quay.De analyse is gebaseerd op wiskunde.


Het rapport van Dr. Steven Quay, dat gebaseerd is op wiskunde, is geen geaccepteerd bewijs voor de "lableak" theorie. Wetenschappelijk bewijs moet nauwkeurig worden uitgevoerd, peer-reviewed zijn en kunnen worden nagevolgd door andere experts in de branche. Het rapport van Dr. Quay voldoet niet aan deze standaarden en wordt daarom niet beschouwd als een wetenschappelijk bewijs voor de "lab leak" theorie.
Het rapport bevat getallen, maar er is geen onderbouwing waar die getallen vandaan komen, er zijn ook wat foto´s, maar er is verder geen onderbouwing, geen methodes, 
https://www.theatlantic.com/ideas/archive/2021/06/lab-leak-trap/619150/

C) In het hele begin dachten anderen dat een lab-leak een mogelijkheid was.

Dit is geen bewijs, maar laat het wetenschappelijke proces zien. Het is belangrijk om wetenschappelijk onderbouwde bewijzen te gebruiken om conclusies te trekken. Veel wetenschappers hebben grondig onderzoek gedaan naar de oorsprong van SARS-CoV-2 en er is geen overtuigend bewijs gevonden voor de lab-leak theorie. De uitspraken van Engel zijn speculatie en niet op wetenschappelijke feiten gebaseerd. Het is altijd verstandig om verschillende bronnen te raadplegen en onafhankelijke wetenschappelijke studies te bekijken voordat conclusies worden getrokken.

D) "Er is geen bewijs gevonden dat het een lab-leak is" en experts vinden een natuurlijke oorzaak waarschijnlijker.

Dat is inderdaad een belangrijk punt. Het is belangrijk om kritisch te blijven en de argumenten en bewijzen van beide kanten te bekijken voordat men een beslissing maakt. Het is namelijk niet voldoende om gewoon te zeggen dat het een complot is zonder enig bewijs, aanwijzingen of argumenten die dit ondersteunen. Een interviewer heeft de plicht om kritisch te blijven en deze bewijzen te vragen. Een goede wetenschappelijke benadering is altijd gebaseerd op feiten en bewijzen, en niet op complottheorieën. Daarom is het ook belangrijk om op te letten of de argumenten en bewijzen wetenschappelijk verantwoord zijn.

Het rare is dat de interviewer hier verder niet op ingaat, dat dit erg zwakke en niet wetenschappelijke argumenten zijn. Helaas mag Engel gewoon doorpraten en wordt het allemaal nog meer complot-achtig met uitspraken als "onderzoeken worden geblokkeerd”. Een goede interviewer vraagt hier om bewijs of aanwijzingen dat dit zo zou zijn. Dit gebeurt duidelijk niet. Engel krijgt een vrijbrief om maar door te gaan met kletspraat.


E) Er zijn "deeltjes" gevonden in Spanje en Italië in September en Oktober 2019.

Er is veel onduidelijkheid over de beweringen van Engel over de aanwezigheid van SARS-CoV-2 deeltjes in Spanje en Italië in 2019. Er is weinig bewijs om deze beweringen te staven, en de analyse waar naar hij verwijst, is niet bevestigd door andere experts. Bovendien is er geen bewijs voor het verband tussen deze beweringen en een lab-leak (in Spanje?). Het is belangrijk om kritische vragen te stellen en bewijs te eisen, en het is jammer dat de interviewer dit niet doet. Als Engel deze beweringen maakt, zou hij duidelijke aanwijzingen en bewijs moeten kunnen aanbieden om zijn standpunt te staven.

Er is een studie die beweert dat in maart 2019 er SARS-CoV-2 is aangetroffen. De niveaus waren erg laag, en deze analyse is niet bevestigd. Hetzelfde voor oudere serummonsters in Italië, van voor de uitbraak: deze zijn niet onafhankelijk bevestigd. Serummonsters zijn nooit, ondanks vragen, naar andere laboratoria opgestuurd.


Quote: Bosch, who is president of the Spanish Society of Virologists, said that an early detection even in January could have improved the response to the pandemic. Instead, patients were probably misdiagnosed with common flu, contributing to community transmission before measures were taken. Prof. Gertjan Medema of the KWR Water Research Institute in the Netherlands, whose team began using a coronavirus test on waste water in February, suggested the Barcelona group needs to repeat the tests to confirm it is really the SARS-CoV-2 virus.

Wat wil Engel nu zeggen? Was de PCR test die hiervoor gebruikt werd, die hij zo onbetrouwbaar noemt, nu wel betrouwbaar dan? Hoe verklaart hij dat er SARS-CoV-2 rond zou gaan maar er geen ziekte uitbrak? De bewijslast is uiterst zwak.

Volgens Engel bestaat 100% niet, correct, maar laat dit met 99% zekerheid zien dat het uit een lab komt. Dat is nogal een rare conclusie. Stel je voor dat het echt in maart 2019 in Spanje was: uit welk lab komt het dan? Is daar bewijs voor? Werkte er een lab met coronavirussen in Barcelona in 2019 of daarvoor? De interviewer vraagt hier niet na. Engel mag alles verkondigen zonder enige kritische vraag.

F) "Als je naar stukjes van de sequentie kijkt, kun je zien dat het gemanipuleerd is". 

De bewering van Engel over de FCS (Furin Cleavage Site) in het SARS-CoV-2 virus en dat het bewijst dat het virus gemanipuleerd is, is ongefundeerd. Er is geen wetenschappelijk bewijs dat het virus gemanipuleerd is. Het feit dat deze 12 nucleotiden (4 aminozuren) vergelijkbaar zijn met andere coronavirussen, suggereert dat deze verandering waarschijnlijk het resultaat is van een natuurlijke mutatie, in plaats van menselijke manipulatie. Bovendien, het is niet alleen de FCS die bepalend is voor virulentie, maar een combinatie van factoren en de evolutionaire druk op virussen is zeer groot, wat ook aantoont dat dit een zwak argument is. Zonder tegenspraak of verdere onderbouwing door wetenschappelijke literatuur is het onmogelijk om de beweringen van Engel te ondersteunen.

Deze 12 nucleotiden lijken erg op die in andere corona visussen, deze is ook niet uniek voor SARS-CoV-2 https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023 

De FCS is gevonden in RaTG13 SARS-like bat coronavirus en pangolin-like coronavirussen, het komt dus geheel natuurlijk voor. Daarnaast is het niet 12 nucleotiden, maar de verandering van één of twee die een FCS doen laten ontstaan: 
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04532-4 
​
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506120304165
​
​En de evolutionaire druk op de virussen is zeer groot https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2022.0193.

Het is belangrijk om kritisch te blijven ten aanzien van claims die worden gemaakt, ongeacht door wie en in welke context. Het is nodig om bewijs te eisen voordat claims als waarheid worden aanvaard. Het is ook belangrijk om te herkennen wanneer iemand een agenda heeft en niet op zoek is naar een echte en onafhankelijke discussie.

Dit geldt zeker voor organisaties als Project Veritas, die bekend staan om vervalste video's en bewerkte informatie (
zoals over Planned Parenthood, de Association of Community Organizations for Reform Now (ACORN), NPR, CNN en The Washington Post. In veel van die gevallen hebben mensen Project Veritas aangeklaagd voor het publiceren van valse informatie en hebben ze aanzienlijke sommen geld verloren in die rechtszaken.). Het is daarom verstandig om hun claims met een korreltje zout te nemen.

Het is verder onjuist om te stellen dat iemand die diergeneeskunde heeft gestudeerd automatisch corrupt is. Dit is een beschuldiging zonder enig bewijs en kan beschouwd worden als smaad. Het is belangrijk om de meningen en kwalificaties van mensen op een objectieve manier te beoordelen en niet te beoordelen op basis van vooroordelen of stereotypes.

Pfizer werkt niet met virussen. Het heeft de capaciteit om vaccines te maken, de code aan te passen, maar heeft daar echt geen virussen voor nodig. Veel laboratoria gebruiken virtuele screens en vervolgens testen ze nieuwe Spike eiwitten niet in SARS-CoV-2 maar in pseudovirussen. Dit heeft geheel niets met zogenaamde GOF te maken.

​Dit is wederom niet een wetenschappelijk onderbouwd argument, noch een argument van iemand die weet hoe, als zulk onderzoek plaats vindt, dit gebeurt.   

https://www.nature.com/articles/s41564-021-00954-4
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.17.516989v4
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1931312820306247
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm1208

 
Het doel van dit onderzoek is om nieuwe varianten voor te zijn en een pan-coronavirus vaccin te maken: een vaccin tegen alle varianten.
​
De interviewer stelt geen kritieke vragen, maar slikt alles als zoete koek. Dat niet alleen, hij maakt nog een bijdrage door er zelf nog een schepje boven op te doen en nog doodleuk iets te zeggen over een discussie op inhoud. 

De volgende vraag: wat is een virus?

Het antwoord is hier; 
https://www.thematic-ai.eu/prof-marc-veldhoen/wat-is-een-virus
​

Het standpunt van Engel dat virussen exosomen zijn is wetenschappelijk niet correct. Een virus bezit genetisch materiaal, RNA of DNA, dat omgeven is door een eiwitmantel en in sommige gevallen ook door een vetlaag. Dit materiaal (eiwitcode en RNA/DNA) is niet te vinden in ons genoom en is daarom lichaamsvreemd. Bovendien bevat het virus de informatie die nodig is om een gastheercel te infecteren en nieuwe virusdeeltjes te creëren, wat niet het geval is bij exosomen.

Het argument dat 8% van ons genetisch materiaal oorspronkelijk (zeer lang geleden) van virussen afkomstig is, is ook geen argument om te stellen dat virussen lichaamseigen zijn. Dit betekent alleen maar dat virussen bestaan en niet dat ze geen gevaar kunnen vormen voor onze gezondheid.

​Het idee dat virussen communicatiemiddelen zijn, is ook niet correct. Communicatie tussen organismen is op het niveau van metabolische producten, maar een virus heeft geen communicatie nodig en is niet in staat om dit uit te voeren. Het is ook onjuist om te beweren dat virussen in symbiose leven met bacteriën en samenwerken op een manier die te vergelijken is met communicatie.

Samengevat; de opvattingen van Engel over virussen als exosomen en als communicatiemiddelen zijn niet wetenschappelijk onderbouwd en veroorzaken alleen verwarring.



2) Hoe werken vaccins?

​Wat is het Spike eiwit?
Het Spike eiwit is een belangrijk onderdeel van het SARS-CoV-2 virus, het virus dat verantwoordelijk is voor de COVID-19 pandemie. Het Spike eiwit is nodig om het virus binnen te dringen in de gastheercel. Het Spike eiwit bindt aan bepaalde receptoren op de oppervlakte van de gastheercel, waaronder ACE2, waardoor het virus in staat is om de cel binnen te dringen en te repliceren.

Er zijn diverse vaccins die specifiek gericht zijn tegen het Spike eiwit. RNA-vaccins, zoals de mRNA-vaccins die momenteel in gebruik zijn tegen COVID-19, richten zich niet op specifieke celtypen. In plaats daarvan worden ze snel opgenomen door cellen in spieren en wordt het Spike eiwit geproduceerd. Dit veroorzaakt een immuunreactie en leidt tot de productie van antilichamen tegen het virus.

Er is geen bewijs dat RNA-vaccins door het hele lichaam gaan en in elke cel terechtkomen. Studies naar vaccins die genen bevatten die coderen voor een eiwit dat licht weerkaatst, hebben dit bevestigd.
https://www.cell.com/action/showPdf?pii=S1525-0016%2817%2930156-9
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0168365915300535?via%3Dihub


Sommigen hebben het nog over de "Japanse studie"; maar dat zijn gewoon de originele Pfizer studies, en de data komen uit de studies hierboven vermeld. Ze laten precies hetzelfde zien, maar sommigen hebben de data misbruikt en grafieken aangepast, anderen hebben de documenten niet eens ingezien. De farmacokinetische onderzoeken werden op een voorzichtige manier uitgevoerd met uitzonderlijk hoge hoeveelheid die bij mensen onmogelijk te bereiken zijn. De ratten in de studie kregen een goeveelheid 1333x hoger dan mensen! Die studies laten zien dat materiaal voor 90% in de spieren en 10% in de lever terechtkomen.
Natuurlijk zijn deze studies gedaan voordat de vaccins werden getest op mensen; dat zijn de regels. Al zijn muizen, ratten en fretten zeer goede modellen, de laatste testen zijn in primaten, : https://www.cell.com/molecular-therapy-family/nucleic-acids/fulltext/S2162-2531(19)30017-4; al deze gegevens zijn ingezien en beoordeeld door de wereld experts zoals bij de FDA en de EMA.

Let ook hier op dat LNP of RNA delen niet hetzelfde zijn als het vaccin; dat is de combinatie van LNPs en intact RNA. Beide delen worden zeer snel afgebroken, en het vinden van afzonderlijke resten is iets anders dan het vinden van een nog werkend vaccin.
Het is belangrijk om te begrijpen dat de hoeveelheid mRNA die in het weefsel aanwezig moet zijn om een ​​off-target-effect te krijgen, hoog moet zijn. Dit is onmogelijk te bereiken in andere weefsel dan de spier, met een bijdrage van de lever, in mensen met de hoeveelheid vaccin gegeven. In de lever is dit ook van snel voorbijgaande aard. Het zijn juist deze studies, rekening houdend met de klinische waarden en de allometrische schaal, die aantonen dat de vaccins zeer veilig zijn met een zeer lage incidentie van het off-target effect.

De interviewer heeft onvoldoende kennis over het onderwerp en laat het opnieuw aan Engel om uit te leggen hoe een vaccin werkt. Engel gebruikt expliciet een eiwit- of subunit vaccin als voorbeeld. Bij dit soort vaccins moet er een eiwit op grote schaal geproduceerd worden, verwerkt worden met stoffen die het werkzaam maken (omdat eiwitten op zichzelf niet immunogeen genoeg zijn om een reactie op te wekken), en vervolgens wordt het geïnjecteerd.

Witte bloedcellen nemen het eiwit mee naar de lymfeklieren, waar het gepresenteerd wordt aan T en B cellen, en er vervolgens een immuunreactie plaatsvindt die resulteert in het aanmaken van geheugencellen.

Volgens Engel is een vaccin iets dat een stukje van een pathogeen bevat. RNA-vaccins, zoals ook het vaccin tegen SARS-CoV-2 (RNA van SARS-CoV-2), zijn hier toch zeker een voorbeeld van.

Engel vermeldt niet de verzwakte virussen die gebruikt worden in vaccins tegen ziektes als gele koorts, mazelen, bof en rodehond. Deze vaccins bevatten RNA virussen die in onze cellen terechtkomen en hun RNA deponeren. Onze cellen gaan vervolgens virale eiwitten maken, en in sommige gevallen zelfs nieuwe virussen, maar omdat deze virussen verzwakt zijn, worden ze snel opgeruimd door ons immuunsysteem. De eiwitten worden weer door witte bloedcellen naar de lymfeklieren gebracht, waar B en T cellen worden geselecteerd en geheugencellen aangemaakt. Het principe van werking is dus hetzelfde.

De interviewer beweert (op onduidelijke wijze) dat het vaccin niet beperkt blijft tot de spieren. Hiermee verspreidt de interviewer verder onjuiste informatie. Het is fout om te beweren dat het vaccin niet voornamelijk beperkt blijft tot de spieren.

Engel maakt vervolgens een foutieve uitspraak door het "gentherapie" te noemen. Bij gentherapie wordt er een enkel gen veranderd en ondergaat het gen enige vorm van behandeling. Het is een misleidende uitspraak die regelmatig is weerlegd, zoals hier; https://twitter.com/Marc_Veld/status/1588996483755298816
 
En hier nog maar eens wat EMA er van zegt, al vele jaren:
​
Picture
Engel´s uitspraken bevatten veel onjuiste informatie en beweringen die niet door wetenschappelijk onderzoek zijn bevestigd of ondersteund. Het is belangrijk om feiten en wetenschappelijk bewezen informatie te gebruiken in plaats van angstaanjagende claims en verkeerde informatie.

​Het is niet verantwoord om bangmakerij te gebruiken in verband met vaccins, aangezien dit misbruikt wordt om de publieke opinie te beïnvloeden en mensen af te schrikken van het krijgen van belangrijke vaccins. Het is belangrijk om te blijven bekijken welke informatie klopt en om deze te verifiëren met betrouwbare bronnen, in plaats van geruchten en onjuiste beweringen te verspreiden.

Spike wordt gepresenteerd, het maakt eigenlijk niet uit door welke cel: immuun cellen zullen het oppikken. Maar Engel en de interviewer beweren dat die cel een essentiële cel zou kunnen zijn, die je dan verliest. Ik kan me niet bedenken welke cel dat zou kunnen zijn. Alle immuun cellen, spier, lever, enz., hebben allen stamcellen en worden heel snel vervangen. Zo gaat dat altijd, ook met virusinfecties. Het is nu tenenkrommend slecht.

3) Vaccin bijwerkingen.

​Engel blijft volhouden dat LNPs (liposomale nanodeeltjes) door het lichaam kunnen gaan, hoewel er geen bewijs is. Hij beweert ook dat mRNA vaccins risico's geven op capillary leak syndrome of trombose, maar dit is niet correct.

Er was wel een kleine kans op CLS met vector vaccins. https://www.saskhealthauthority.ca/news-events/news/why-we-dont-aspirate-when-we-vaccinate Engel verkeert in zijn eigen fantasiewereld en lijkt zijn eigen beweringen zonder studie of kennis te geloven. Stel dat een LNP + mRNA in een endotheelcel, de cellen die je bloedvaten bekleden, terecht komt. Dan wordt die cel, en die cel alleen (!) verwijderd. Niet agressief, maar heel chirurgisch, door apoptosis, en gelijk vervangen zonder enige problemen.


Bell's palsy is geen aandoening waarbij zenuwcellen worden aangevallen. Voor meer informatie kunt u terecht op de website van de National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NINDS). https://www.ninds.nih.gov/health-information/disorders/bells-palsy

Dan heeft Engel het nog over ‘dat sommige cellen minder goed zijn in het maken van eiwit dan anderen’. Echt, alle cellen maken eiwitten, alle hebben ribosomen en ze maken genoeg om een immuunreactie te veroorzaken; dat is uitgebreid getest! Maar natuurlijk, Engel weet alles beter, zonder studie en zonder kennis.

Myocarditis (ontsteking van het hart) wordt veroorzaakt door een ontstekingsreactie, en hoe heviger de ontsteking, hoe groter het risico op myocarditis. Engel geeft de verkeerde uitleg over myocarditis, hij beweert dat het te maken heeft met het "spike eiwit" in het hart, maar dit is niet juist.

Vaccins zijn uitgebreid onderzocht en worden regelmatig aangepast om zeker te zijn van de veiligheid en effectiviteit. Studies hebben aangetoond dat myocarditis zeldzaam en mild is, en dat het SARS-CoV-2 virus veel gevaarlijker is. Engel weerspreekt dit, maar heeft hier geen bewijs voor.


Hier onderzocht voor vele vaccins;
https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(22)00059-5/fulltext

Hier aangegeven waarom dit voor mannen met veel testosteron ietsje meer risico heeft:
https://www.science.org/doi/abs/10.1126/scitranslmed.abo1981

En ja; het is zeldzaam, het is mild en SARS-CoV-2 is erger. Dat is in vele studies aangegeven. Engel ontkent, maar presenteert weer geen data.

Voor alle leeftijden:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.12.02.22283050v1

Hoger na SARS-CoV-2 infectie, met lange termijn consequenties:
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcvm.2022.951314/full#  
https://www.nature.com/articles/s41591-021-01630-0
https://www.nature.com/articles/s41591-022-01689-3
https://www.nature.com/articles/s41569-021-00662-w

De bewering over prionziekten en vaccinatie is volkomen desinformatie en heeft niets te maken met SARS-CoV-2. Engel blijkt een antivaxxer te zijn en beweert dat prionziekten in het verleden al door vaccinatie werden veroorzaakt, maar dit is niet waar. Spike is geen prion en Engel's beweringen zijn onjuist.
​
Ik hou het voor gezien. De hoeveelheid onzin wordt steeds groter en belachelijker. 30 minuten Engel is echt te veel al. De SAR-CoV-2 stamboom staat hieronder. 

Tot slot nog het onzinverhaal van bloedproppen:  

​https://twitter.com/Marc_Veld/status/1567087797751652353?s=20&t=MyuoLD1rvjKH0dH4y8woRQ



Picture
1 Comment

Wat is Chitine?

2/8/2023

2 Comments

 
​Chitine is in het nieuws en de welbekende propaganda kanalen schilderen het af als iets gevaarlijks, iets giftigs. Daarom wat informatie over wat chitine is, waar je het aantreft en of het echt gevaarlijk is.
 
Chitine, Grieks voor tuniek of envelop, is een in de natuur voorkomende biopolymeer. Naast cellulose, dat een belangrijk component is van de celwand van planten, is chitine het meest voorkomende polymeer in de wereld.
 
Een polymeer is een ketting van vele dezelfde moleculen, in het geval van cellulose is dat glucose (suiker) en in het geval van chitine is dat een afgeleide van glucose, N-acetylglucosamine, een amidederivaat. Chitine is dus een aminosuiker.
Picture
Chitine wordt geproduceerd door vele diersoorten, geleedpotigen, spinachtigen, nematoden en schimmels. De meest bekende bron in je dieet zijn waarschijnlijk algen, paddenstoelen en schaaldieren; zoals garnalen, kreeft en krabben.
 
Chitine is belangrijk als ondersteuning van structuur, het is stevig en werkt een beetje als bot voor vele andere diersoorten. In insecten is het een bestanddeel van de huid, de luchtpijp en de darmen. Ook interessant is dat chitine het belangrijke vermogen tot hermodelleren geeft dat morfogenese mogelijk maakt.
 
Omdat insecten veel chitine bevatten en de verandering van voedselbronnen naar meer insect-bevattende producten verschuift, zorgt chitine voor veel belangstelling en, natuurlijk, de nodige misinformatie.
 
Wat feiten:
 
  • Chitine is geen eiwit, al lijkt het wel wat op eiwit omdat het beide polymeren zijn. Eiwit is opgebouwd uit aminozuren, terwijl chitine is opgebouwd uit aminosuikers. Wij kunnen zelf geen chitines maken, maar we hebben wel enzymen die vergelijkbaar zijn met chitinase: het eiwit dat voor de afbraak van chitines zorgen.
 
  • Chitine is al onderdeel van je dieet als je paddenstoelen, slakken, schaaldieren of algen eet.
 
  • Chitine is een onoplosbare vezel. Vezels zijn belangrijk; een bestanddeel dat je darmen en darmflora nodig hebben. De bacteriën in je darmen kunnen vezels afbreken, voor velen is het een zeer belangrijke bron van voedsel (chitine heeft prebiotische eigenschappen). De darmbacterieën zetten vezels om in SCFAs (short chain fatty acids): korte vetzuren. Deze vormen een voedselbron voor de cellen van je darmen en regelen ook veel andere processen zoals onderdeel van je immuunsysteem.
 
  • Sommige chitines hebben antioxiderende eigenschappen. Deze binden aan vrije radicalen. Dit kan bijdragen aan het verminderen van celbeschadigingen en kanker. Denk hierbij voornamelijk aan de darmen.
 
  • Sommige chitines kunnen zich binden aan vetten (cholesterol) en daarmee het cholesterolgehalte in het bloed verlagen.
 
  • Bepaalde vormen van chitine hebben goede smaken. Met name microkristallijne chitine wordt gebruikt als voedingsadditief voor smaakverbetering.
 
  • Chitine is al heel lang populair in de voedingsindustrie en is dus niet nieuw. Het fungeert als emulgator en stabilisator in veel producten. Daarnaast is het ook nog eens een conserveringsmiddel (tegen schimmels).
 
  • Zelfs als je denkt nog nooit chitine te hebben gegeten, je bent er misschien wel mee in aanraking gekomen. Ook in de medische wereld heeft het namelijk toepassingen zoals in huidtransplantaties, contactlenzen en oplosbare hechtingen.




  • Chitine is ook een belangrijk bestanddeel van meststoffen. Het stimuleert planten om te groeien.
 
  • Chitine kan zelfs zware metalen uit water zuiveren.
 
  • Chitine, net zoals vele production die we tot ons nemen, is niet lichaamseigen. We kunnen er dus een immuunreactie tegen maken. Net zoals tegen pindas of pollen. Een allergiesche reactie kan ook tegen chitines optreden. Dit is goed bestudeerd in, vooral de longen, van muizen met het toedienen van chitine. Het lijkt niet waarschijnlijk dat chitine, dat van nature in het milieu aanwezig is en deel van onze voedselketen, ook kan bijdragen aan extra allergische of ontstekingsreacties.​
 
 
Kort samengevat: chitine is een veel voorkomende, biologisch afbreekbare en niet gevaarlijke/giftige stof waar we al heel lang mee in contact zijn en in onze voedselketen zit. Het is niet nieuw, maar heeft vele voordelen voor onze gezondheid en het millieu. 
 
 
Extra literatuur:
 
https://www.nature.com/articles/s43016-022-00591-y
 
https://biologydictionary.net/chitin/
2 Comments

Acute and postacute sequelae associated with SARS-CoV-2 reinfection

2/2/2023

0 Comments

 
Acute and postacute sequelae associated with SARS-CoV-2 reinfection | Nature Medicine

Is it possible to get damage from repeated infections?


Yes, with every infection that is possible. So, prevention is always better. But, in the long run this is often not possible and practical to completely prevent. What the article here shows is that having a re-infection is worse than not having a re-infection. Nothing more! Yet, it is frequently claimed that it does show other things. So, worth a closer look.

This study predates Omicron (the study ended April 6, 2022, after 6 months follow up), which bypasses more antibodies, and reinfections are tilted towards more vulnerable. A Delta breakthrough does not imply the same consequences or selection bias as an Omicron breakthrough: but it is a good start to understand what a reinfection does.

What would be expected? After a first infection, your immune system has stored memory cells. These are T and B cells selected for their capacity to recognise SARS-CoV-2. They are much quicker than naive T and B cells that first have to be selected in the draining lymph nodes, activated and expanded. In addition, the B cells have gone through affinity maturation and improved the affinity of the antibodies they make to bind to SARS-CoV-2. A extremely large body of work tells us that this means that, on average, secondary and subsequent infections are much milder.

Watch out: that does not mean a subsequent infection is asymptomatic! Symptoms are the result of your immune system fighting the virus (e.g. pain, swelling, fever, mucus production) and the activity of the virus. It is perfectly possible to have strong symptoms, even sometimes a bit stronger than the first infection, but you will clear the virus robustly and quickly; preventing damage and other consequences from the virus itself. It will not have the opportunity to spread far from its original infection site.

​T
he cohort used in this study is a bit particular. Nothing wrong per se, but important to keep in mind and not to extrapolate data from this to the whole population. The average age is older (60 years old), 90% is male, there is very low vaccination status, and also includes many vulnerable (more immunocompromised: although there is some correction). Re-infections hit vulnerable people worse, so they are worse off than people who have not been re-infected.
Picture
The hospital setting also raises some concerns: If you have more C19 infections and all are diagnosed with a PCR test or antigen on your record, then you have more symptoms than someone going through the reinfection at home; anyway; PCR in hospital = more chance to be/be included in hospital. In addition, the authors equate hospitalisation with COVID-19 infection. But that is not so clear. In the setting used, the infection could be the result of the hospitalisation (where members of this more vulnerable group end up more frequently) thereby overstating the infection effect. IHR ~10%! Or it could be this specific cohort.

Independent of what people interpret, and not included in the preprint, the authors make it very clear that their study should not and cannot be used to compare the risk of reinfection with that of a first infection. This is what they write;

"The aim of our analyses was to examine the health risks associated with those individuals who had reinfection (compared to no reinfection). Our analyses should not be interpreted as an assessment of severity of a second infection versus that of a first infection, nor should they be interpreted as an examination of the risks of adverse health outcomes after a second infection compared to risks incurred after a first infection. Our analyses do not provide a comparative assessment of the risks of reinfection with different variants or subvariants."

This limitation you can see in supplemental figure 2, which is applicable to figures 1-4. Situation 1 - infected on day 1 symptoms assessed days 90-180 Compared to situation 2 - infected on day 1, re-infected in days 90-180 and symptoms assessed.

The comparison done:
1 - days 90-180 after primary infection
2 - days +1 to 90 after reinfection


Picture
In graphics, it looks like this
(Source and discussion: 
https://twitter.com/MichaelSFuhrer/status/1615142268796821510?s=20&t=j4jYcyCmsdyb6U28arruAA)
Picture
​There have been many studies that do compare 2nd infections, a recent meta-analysis shows a -80% reduction in disease: Protective effectiveness of previous SARS-CoV-2 infection and hybrid immunity against the omicron variant and severe disease: a systematic review and meta-regression - The Lancet Infectious Diseases

What this article shows is that the health risks arising from reinfections are not zero. That is important information, but it does not show that a second or third SARS-COV-2 infection is worse than the previous one. That data is not in this paper and such a conclusion is not supported by the data shown. 
The risk is highest shortly after infection. Which makes sense: yet there is an increase risk of complications for a time after infection: especially in cohorts like used here. It emphasis that infections, as we know, are better avoided.
Picture
But, the risks associated with reinfection seem more likely to be in the acute phase, compared to first infection. This can also be seen in the supplementary tables. The excess burden from reinfection starts out higher than the no-reinfection burden, but then drops.
Picture
All this seems at odds with the interpretation that multiple infections cause one to be more vulnerable (a first infection can, and during the acute phase this is certainly possible, for all infections, not only SARS-CoV-2). It is in agreement with the many studies as in the metaanalysis and later.
As with most infections; - the acute risk of disease is lower for reinfection than 1st infection. - those infected, after the acute phase, seem less in need of hospitalisation over time compared with 1st infection.

This is how it generally works: we have a very sophisticated immune system, that remembers previous encounters and makes sure we deal with subsequent encounters much quicker and better, thereby limiting any damage caused by the pathogen.
0 Comments

Extended SARS-CoV-2 RBD booster vaccination induces humoral and cellular immune tolerance in mice

2/1/2023

0 Comments

 
Extended SARS-CoV-2 RBD booster vaccination induces humoral and cellular immune tolerance in mice: iScience

​What does this paper say? What is it misused for?

The paper compares a vaccination series dose regime in young (6 weeks old) mice, which is 4 dosages, with a 6 dosage regime; all within 6 or 12 weeks respectively, with a RBD protein vaccine.

1) this is in young mice
2) this is a high frequency dosing regime, used for the induction of immune tolerance, such as to counter allergies
3) a specific adjuvant (to increase immune system response): Complete Freund's Adjuvant (CFA), which consists of heat-killed Mycobacterium tuberculosis in non-metabolizable oils (paraffin oil and mannide monooleate). This is forbidden to be used in humans. 

If you use such a high and strong vaccine frequency in mice, the response flattens a bit at the end.
Picture
The consequence of very short intervals between injections with RBD protein (which is reminiscent of a tolerance protocol) is reduced neutralization and antibody production. The reason is suppression of the Germinal Centre (GC) reaction. The GC reaction is the follicle where B and T cells meet; where T cells provide help to B cells to make more and better antibodies, and to assist to mature/improve those antibodies.
Picture
The reduced response is also seen in the very recently activated (CD69+) T cell compartment; CD4 T cells that help B cells make and mature antibodies, are reduced. This does not show total T cells, but cell expressing the temporal activation marker CD69 in secondary lymphoid organs and blood: this is very transiently expressed. With n=3, the strength and the relevance is not clear.
Picture
Please note;
- These are young mice
- This is a very short succession, without time to mature, between vaccines
- This is the protein vaccine
- No we don't see this after 3 or 4 dosages of vaccines in human; that is why we space them!
- This is a very strong adjuvant forbidden to be used in humans
- We see very high antibody levels after the 4th vaccine in humans with very good protection
- We see very good neutralising antibody levels, that improve after 3 and 4 dosages
- We see the clinical reduction of infections and disease as a result of vaccinations: they work very well!
- This is a protocol used for inducing tolerance, such as against allergens
- Indeed, multiple boosters in short succession (within weeks) should not be used, and is not used.

Current state of vaccinations required;

- 3x vaccination is sufficient to protect against disease in non-vulnerable people
- 4x, and possibly annually prior to viral season like the influenza vaccines, is required for more vulnerable groups. This paper does certainly
not suggest that you shouldn't do that or that it is harmful!!
0 Comments

Wat is een virus?

2/1/2023

1 Comment

 

Na 3 jaar in een pandemie veroorzaakt door een virus, is er erg veel onbegrip en desinformatie over wat een virus eigenlijk is. Niet onbegrijpelijk, de wetenschappelijke gemeenschap is ook herhaaldelijk van mening veranderd over wat virussen zijn. Virussen werden gezien als vergif en zelfs als chemicaliën. Nu worden ze gezien als iets tussen leven en niet-leven. Zelf kunnen virussen zich niet vermenigvuldigen, ze hebben een levende cel nodig die ze voor eigen doeleinden misbruiken.
Bron "examples of viruses": https://www.genome.gov/genetics-glossary/Virus

Picture
Omdat virussen iets zijn tussen leven en niet-leven werden ze veelal genegeerd en niet begrepen. Dat is bij niet-experts vaak nog steeds het geval. We weten nu echter dat het zeer belangrijke spelers zijn in de algemene geschiedenis van evolutie en het leven. De eerste onderzoeken naar virussen kwam door de associatie met ziekte. “Virus” komt uit het Latijn en betekent; slijmerige vloeistof. Al in de 17de eeuw werd het woord in Nederland gebruikt, als ziekmakende vloeistof of gif. Zo bleef het tot in de jaren 1950.
​
Aan het einde van de 19de eeuw werd ontdekt dat hondsdolheid en mond-en-klauwzeer veroorzaakt werden door deeltjes die leken op bacteriën, maar veel kleiner waren. Ze konden van de ene host naar het andere worden overgebracht met duidelijk ziekmakende effecten. Experimenten leken aan te geven dat virussen een eenvoudige, maar zeker geen gemakkelijke, levensvorm waren. Er zijn zeer veel verschillende soorten virussen, ze variëren veel en gelijken vaak niet op elkaar. En toch werden ze in 1935 weer gedegradeerd tot chemicaliën.
 
Wendell M. Stanley en collega's, (Rockefeller University, NY), kristalliseerden het tabaksmozaïekvirus. Dit leek geheel niet op de cellen die toen al wel bekend waren. Het had moleculen maar geen, zoals in de cel aanwezige, systemen. Stanley kreeg zelfs de Nobelprijs (1946), niet voor geneeskunde maar voor scheikunde! Met de ontdekking van DNA en vervolgens RNA (jaren 1950 en 1960), blijkt dat een virus genetisch materiaal bevat, uniek voor dat virus en geheel niet aanwezig in de gastheer of andere levensvorm.

Bron virus tree: ​https://www.kinopharma.com/english/pipeline/strategy.html 
Picture
Een virus is dus DNA of RNA, omgeven door een mantel van eiwit en soms ook vet. De mantel beschermt het genetische materiaal terwijl 1 of meerdere eiwitten in de mantel nodig zijn voor het binnendringen van de gastheercel. Een virus is geheel afhankelijk van de gastheercel en lijkt inactief.  Echter, wanneer het de gastheercel binnendringt, ontdoet het virus zich van de mantel en stelt het de beschermde genetische code bloot aan de eiwitten in de gastheercel. Deze behandelen de code veelal net zoals de eigen code en gaan aan de slag om het te vertalen in eiwitten.

Bron virus cartoon; ​https://www.genome.gov/genetics-glossary/Virus
Picture
Virussen parasiteren in wezen alle biomoleculaire aspecten van het leven. Ze zijn afhankelijk van de gastheercel voor de grondstoffen en energie die nodig zijn voor het maken van genetische code, eiwitten en vetten, zelfs transport. Het resultaat van deze activiteiten zijn en de productie van alle virale eiwitten en replicatie van het virale DNA of RNA: alle bouwstenen om vele nieuwe virusdeeltjes te maken. Deze nieuwe deeltjes kunnen dan nieuwe cellen of nieuwe gastheren infecteren.
 
De meeste virussen zijn zeer klein en alleen met een elektronenmicroscoop te zien. Dit, samen met de afhankelijkheid van gastcellen, heeft veel onbegrip gecreëerd. Virussen “lenen leven”. Het tijdperk van moleculaire biologie heeft ons veel wijzer gemaakt om virussen te begrijpen. Met hulp van moleculaire technieken en kennis van celbiologie weten we hoe virussen zich gedragen, hoe ze binnendringen, welke stukken van hun genetische materiaal waarvoor dienen. Dit is zeer belangrijk, aan de hand hiervan kunnen medicijnen ontwikkeld worden. Daarnaast kunnen we virussen nu detecteren en onderzoeken, zoals met PCR en sequencing (ontrafelen van elke letter van de genetische code), ook zonder dat we het virus hoeven te isoleren. Alle informatie zit namelijk in de unieke genetische code de we kunnen ontcijferen. Een virus is dus iets relatief eenvoudigs; een voorloper van meer complexe vormen van replicatie misschien. Het is al gemaakt van de fundamentele bouwstenen die nodig zijn voor complexe vormen van leven. Virussen grenzen tussen leven en niet-leven.
​
Virussen hebben een lange evolutionaire geschiedenis, die teruggaat tot de oorsprong van het leven. Sommige virale eiwitten, b.v. die beschadigd DNA verwijderen en herstellen, hebben waarschijnlijk al miljarden jaren vrijwel onveranderd bestaan. Virussen hebben een grote rol gespeeld in de evolutie van leven. Ze kunnen genetisch materiaal uitwisselen met gastheercellen. Sommige virussen blijven aanwezig in de gastheercel en profiteren zo heel lang van het replicatieapparaat van de cel om zich langzaam voort te planten. Een virus kan zelfs permanent in de gastheer genetische code worden opgenomen en virale genen toevoegen die uiteindelijk een cruciaal onderdeel worden van de gastheer zelf. Dit kan een grote en snelle stap veroorzaken in de ontwikkeling van de gastheer. 

Bron retrovirus infectie cyclus; https://veteriankey.com/retroviridae-2/
Picture
De vele virussen, de enorme genetische diversiteit en mutatie snelheid maken de virussen een zeer grote bron van genetisch materiaal en innovatie. Nieuwe genen, en dus nieuwe eiwitten, worden snel ontwikkeld en geselecteerd als ze bruikbaar zijn. 

​​Virussen zijn dus belangrijk voor het leven: ze beïnvloeden al het leven op aarde. Zelf veranderen ze ook, zoals we nu merken met SARS-CoV-2 die de sprong naar de mens heeft gemaakt. Virussen kunnen soms zelfs bepalen wat er zal overleven. Onderschat deze kleine bundels van informatie niet!
1 Comment

Wat doet SARS-CoV-2 eigenlijk met ons immuunsysteem?

2/1/2023

1 Comment

 
Ons immuunsysteem is zeer uitgebreid; zo uitgebreid dat eigenlijk elke cel in je lichaam er deel van uit maakt, en er een bijdrage aan levert. Dit is ook waarom het zo moeilijk is om te begrijpen, het is niet makkelijk; vele cellen, vele type cellen, vele stofjes die van alles doen en processen in cellen aan of uit kunnen zetten. Om zo maar een wetenschappelijk artikel te lezen uit een vakblad is erg moeilijk. Het vereist veel kennis van alle cel types, alle stofjes, de benamingen en de achtergrond of context waarin de resultaten bekeken dienen te worden.

​Het is ook een zeer oud systeem; elke levensvorm wordt bedreigd door andere levensvormen. Dus bijvoorbeeld ook planten hebben een immuunsysteem. Er zijn zeer veel voordelen om mogelijke indringers en hun giftige stofjes te kunnen tegenhouden en te verwijderen. Indringers zoals bacteriën, virussen, parasieten en schimmels kunnen zeer veel schade toebrengen met ernstige ziekte en zelfs de dood tot gevolg. Maar een immuunsysteem komt ook met veel verantwoordelijkheden; het kan uit de hand lopen, zelfs je eigen cellen en materialen aanvallen. Strikte controle met veel controleposten en remmen zijn zeer nodig. Dit alles verhoogt de complexiteit nog meer.

Hier zal ik proberen, op een vergemakkelijkte manier, om wat achtergrond uit te leggen wat er eigenlijk gebeurt als je geïnfecteerd raakt met SARS-CoV-2. Wat is normaal? Daarnaast zal ik wat recente literatuur behandelen om te laten zien dat SARS-CoV-2 eigenlijk een vrij standaard virus is. Standaard betekent natuurlijk niet dat het niet gevaarlijk is, of dat je je er expres me moet laten infecteren. Standaard betekent dat hoe ons immuunsysteem het herkend en er op reageert, hetzelfde is als het doet met de vele virussen waar we dagelijks mee in aanraking komen.

Een prachtige foto van SARS-CoV-2 zie je hier
​(Bron: Turonova, B., Sikora, M., Schurmann, C., Hagen, W.J.H., Welsch, S., Blanc, F.E.C., von Bulow, S., Gecht, M., Bagola, K., Horner, C., et al. (2020). In situ structural analysis of SARS-CoV-2 spike reveals flexibility mediated by three hinges. Science 370, 203-208.)
​
Picture
Wat gebeurt er als dit kleine pakketje eiwit en RNA in je luchtwegen terecht komt?
Een ontsteking is een aantal biochemische en cellulaire reacties die uiteindelijk het effect hebben dat een indringer verwijderd wordt of gecontroleerd. Het begint met het detecteren van de indringer. Dit kan zijn doordat de indringer schade aan de cel veroorzaakt of meer subtiel de stofontwikkeling verandert.

Het kan zijn dat je wakker wordt door lawaai, de woonkamer in komt en een inbreker aantreft. Het kan ook zijn dat er voedsel uit je koelkast verdwijnt. Je weet: iets is er niet pluis! Je detecteert het. 

Onze cellen hebben vele detectoren (receptoren) die indringers kunnen herkennen. Dat niet alleen, de combinaties van al deze receptoren, genaamd PRRs (pathogen recognition receptors, waarvan de families van toll-like receptors (TLRs), nucleotide-binding oligomerization domain (NOD)–like (NLRs), retinoic acid–inducible gene I (RIG-I)–like receptors (RLRs), inflammasomes, stimulator of interferon genes (STING), C-type lectins, en scavenger receptors (CLRs)) zal on informatie geven met wat voor soort indringer we te maken hebben. Een virus, een bacterie, een fungus, wat voor soort virus en bacterie, welke familie het toe behoort. Dit is zeer belangrijke informatie voor het verloop van de immuunreactie.

Bron TLR schema; https://www.immunology.org/public-information/bitesized-immunology/receptors-molecules/pattern-recognition-receptors-prrs-toll
Picture
De herkenning van de geconserveerde deeltjes van een indringer, in dit geval SARS-CoV-2, zorgt voor een onmiddellijke reactie; vele wateroplosbare stofjes worden afgegeven door de geïnfecteerde cellen en de nabij gelegen en in het weefsel aanwezige immuuncellen. Bijvoorbeeld CRP (C-reactive protein: gebruikt als algemene diagnose voor een ontsteking) en Mannose-binding lectin (MBL). De laatste kan een virus afremmen en heeft een rol in bloedstolling. Vele stofjes zijn betrokken bij bloedstolling, weefselherstel en remodelleren: met een infectie begint ook gelijk het herstel. Dit gaat tegelijk!
​
De activering van al deze receptoren leidt tot de expressie van cytokines (inclusief interferonen en chemokines), adhesiemoleculen en antimicrobiële stofjes en tot het te hulp roepen van immune cellen van het aangeboren systeem, zoals macrofagen.

Bron image: Humoral Innate Immunity and Acute-Phase Proteins | NEJM
Picture
De geïnfecteerde cel is eigenlijk verloren met een virus die binnengedrongen is. Het herkent het virus door schade aan het eigen systeem en receptoren die ook binnen in de cel aanwezig zijn, zoals RIG-1 en STING. Alle cellen in je lichaam werken samen. De geïnfecteerde cel maakt een stofje genaamd IFN (interferon: een grote familie), deze waarschuwen de buurcellen dat een indringer aanwezig is. IFN is het signaal voor de buurcellen om hun ramen en deuren te sluiten, en de sloten erop te doen.  Dit voorkomt zo veel mogelijk verdere verspreiding van het virus, of zal het tenminste vertragen.
 
Detectie van indringers, weefselbeschadiging of ontregeling van metabolisme door PRRs zet een cascade in gang die versterking en regulering van aangeboren immuniteit en productie van acute-fase-eiwitten induceert. Eerste stofjes, zoals interleukine-1, interleukine-6 ​​en tumornecrosefactor (TNF), worden aangemaakt en versterken de aanmaak van meer stofjes; deze versterken de rekrutering van leukocyten, effector functies en lokale aangeboren immuniteit. Versterking van lokale aangeboren immuniteit vormt ook de basis voor de activering en oriëntatie van adaptieve (antigeen-specifieke) immuunresponsen. Maar daar zijn we nog niet.
 
Naast het stimuleren van lokale productie van stofjes wordt je hele lichaam betrokken bij de reactie als het een redelijke infectie is. Zogenaamde acute-fase-eiwitten in de lever worden aangemaakt door stimulatie met interleukine-6. Metabole functies worden veranderd (bijv. afname van albumine productie en verhoogde productie van acute-fase-eiwitten). Sommige stofjes werken ook op het centrale zenuwstelsel en activeren de hypothalamus-hypofyse-bijnieras, resulterend in de productie van adrenocorticotroop hormoon en glucocorticoïde hormonen. Dit lijkt ten grondslag te liggen aan mogelijke langetermijneffecten van SARS-CoV-2, vele andere pathogenen, en zelfs in zeer zeldzame gevallen kan dit het gevolg zijn van een vaccinatie. Glucocorticoïdhormonen hebben vele functies, waaronder als negatieve regulatoren van ontsteking.
Bron adrenal schema; https://www.adrenal.com/adrenal-tumors/lab-testing
Picture

Dit concludeert het eerste deel. Een indringer, SARS-CoV-2, een RNA-virus, is binnen gekomen. De lokale cellen reageren op de aanwezigheid van een verstoring en identificeren dat het een RNA-virus is. Ze waarschuwen lokaal, de buren verhogen hun verdedigingsmechanismen, meer immuuncellen worden aangetrokken. De rest van het lichaam wordt in staat van paraatheid gebracht, van de lever tot de hersenen!

Dit is niet langer de status quo dit is de acute reactie tegen een infectie. Vele stofjes worden geproduceerd, grote aantallen cellen die zich anders in het beenmerg stil houden (monocyten en neutrofielen) worden de bloedbaan ingeduwd, anderen doen de lymfeklieren aan en worden daar langer vast gehouden en vinden een weg naar de weefsels. Voor het ongetrainde oog lijkt het chaos! Bloedwaarden veranderen, celnummers worden hoger, proporties veranderen, het aanzien van cellen verandert als ze actief worden!  Dysregulatie? Zo zou je het kunnen noemen, maar dit is een geheel normale en gecontroleerde actie zoals tegen vele indringers wordt gemaakt. Afhankelijk van de indringen en de grote van de ontsteking, zul je er wel of niet wat van merken. Maar, wees er van bewust, deze reactie, verfijnd over miljoenen jaren, maakt het verschil tussen enorme weefselschade en leven en dood.

Dus, SARS-CoV-2, is een zeer snel virus, de verdedigingslinies kunnen het vertragen, maar kunnen overwelmd worden door het virus dat zich snel vermenigvuldigd en nieuwe cellen binnendringt. Extra vuurkracht is nodig.


T en B cellen

Het adaptieve deel van je immuunsysteem kan bijzonder gevaarlijk zijn als je het niet goed controleert. Om het te controleren zijn er vele mechanismen, die al beginnen bij het aanmaken van nieuwe B en T cellen. “Adaptief” betekent dat ze zich kunnen aanpassen aan de indringer. Dat gebeurt op verschillende manieren.
 
Er wordt vaak beweert dat het aangeboren deel van het immuunsysteem niet specifiek is. Dat is incorrect. De huid, de slijmvliezen, de laag van epitheel cellen; die zijn niet specifiek. Echter de receptoren op de epitheelcellen en de vele cellen van het aangeboren immuunsysteem zijn zeer specifiek, maar gericht tegen goed geconserveerde deeltjes in niet-zoogdieren. De receptoren zijn gecodeerd in je DNA. Je erft ze van je ouders. De twee belangrijkste receptoren van het adaptieve immuunsysteem zijn niet gecodeerd in je DNA! Dit zorgt ervoor dat je een ontelbare hoeveelheid receptoren kan maken! Hier ligt een belangrijke kracht van het adaptieve systeem: het kan alles, echt alles herkennen! SARS-CoV-2 dus ook.
Dit vereist meer uitleg.

B en T cel worden niet aangemaakt als een lever of huidcel. Vele cellen worden aangemaakt door celdeling van een al bestaande cel of van een stamcel. B en T cellen komen van een complex hematopoietisch systeem dat zeer flexibel is; het zorgt voor vele types immuuncellen en gedurende immuunreacties kan dit aangepast worden om meer of minder cellen te maken en welke typen, afhankelijk van wat je lichaam nodig heeft. Er is een voorloper cel die de mogelijkheid heeft om een B of T cell te worden. Met complexe interacties gebruiken ze specifieke delen van hun DNA, een soort van knip en plak werk, om uiteindelijk een receptor te maken. En B cel receptor (BCR) of T cel receptor (TCR). Elke specifieke B of T cel maakt zo één receptor, en dus kan elke cel slechts één antigen (=iets wat het immuunsysteem kan herkennen) herkennen. Dat lijkt niet erg handig: maar denk dat je miljarden van deze cellen hebt, elk heeft het vermogen om iets anders te herkennen. Dat betekent dat ze samen eigenlijk alles kunnen herkennen. Dat is de enorme kracht van dit systeem. Maar de zwakte is dat je slechts een zeer klein aantal cellen hebt die specifiek SARS-CoV-2 kunnen herkennen. En dat is een probleem.

​Het eerste probleem is hoe kun je de paar cellen, die rondvaren in je lichaam vinden als je geïnfecteerd raakt met iets?

De oplossing; een gecentraliseerd systeem waarbij de T en B cellen snel door ons lichaam getransporteerd worden, maar niet in elk weefsel hoeven te kijken of ze nodig zijn: de bloedbaan, het lymfestelsel en lymfeknopen!

Bron
Picture
Wanneer SARS-COV-2 je infecteert, zullen er altijd deeltjes zijn die niet een cel binnen dringen, geïnfecteerde cellen zullen dood gaan, en slaan het alarm. Witte bloedcellen, vooral dendritische cellen, zijn in alle weefsel aanwezig en zeer gevoelig voor signalen van ontsteking. Die eten voortdurend deeltjes in hun omgeving. En, als ze gevaar detecteren, stoppen ze daarna met eten, en verlaten ze het weefsel om zich naar de dichtstbijzijnde lymfeklier te begeven. Hier presenteren ze de stukjes van SARS-COV-2 op hun oppervlakte en zullen alle B en T cellen in de komende dagen langskomen. Die kleine aantal B en T cellen (we hebben er miljarden, maar ze hebben bijna allemaal een andere receptor) die een stukje van SARS-CoV-2 herkennen worden geactiveerd en in de lymfeklieren vastgehouden. Na de activatie zullen ze door een programma van zeer snelle celdelingen gaan, ongeveer 3 per dag, en zullen ze rijpen; het herprogrammeren van hun rol (de rol die de dendritische cellen doorgeven en die de identiteit van de indringer hebben opgepikt via hun receptoren), en het verkrijgen van specifieke functies. De T cellen, de dochters van die kleine aantallen die een stukje van SARS-CoV-2 herkennen, zullen na een aantal dagen de lymfeklieren gaan verlaten. Ze gaan nu op zoek naar weefsels die signalen afgeven dat er een ontsteking gaande is en mengen zich in de strijd.

Vele B cellen zullen lang in de lymfeklieren blijven om, na vele rondes, zeer goede en specifieke antilichamen te maken. Golven van B cellen zullen ook de lymfeklieren verlaten, terwijl ze grote hoeveelheden antilichamen (de uitgescheiden vorm van de B cel receptor) aanmaken. Ook deze antilichamen mengen zich in de strijd.
 
Echter: het probleem is: dit alles kost tijd! In de wereld van een snel groeiende bacterie of virus, heel veel tijd, wel 10-14 dagen! Ons aangeboren systeem zal een virus als SARS-CoV-2 kunnen remmen, maar vaak niet verslaan. Het zal bijna 2 weken moeten uithouden voordat ons adaptieve systeem hulp kan bieden. Voor sommigen van ons, waarbij het aangeboren systeem minder goed werkt (genetisch, andere ziekte), of het adaptieve systeem minder goed is (medicijnen, ziekte, ouderdom); kunnen snelle pathogenen ons overrompelen.  

Deze blog wordt over de komende weken aangevuld met uitleg.
Zou je iets specifieks willen weten: mail het door: marc_veldhoen@thematic-ai.eu
1 Comment
    Picture
    Professor Marc Veldhoen is an immunology expert and leads the MVeldhoen lab at the Instituto de Medicina Molecular (iMM) in Lisbon, Portugal.

    ​Twitter:
    @marc_veld
    ​
    Google Scholar profile
    Contact Prof. Marc Veldhoen

    Archives

    May 2023
    April 2023
    March 2023
    February 2023

    Categories

    All

    Tweets by Marc_Veldhoen
    View my profile on LinkedIn

ETHIKA AI.

Ēthika AI
White Papers
Demo
​Terms and Conditions
Privacy
THEMATIC AI (Europe) © Copyright 2023
  • Home
  • Company
  • Expert Panel
  • Contact